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Le prélèvement par écouvillonnage est moins efficace sur les surfaces rugueuses (par exemple, le bois et le béton). Il est toutefois utilisé dans les écouvillons pré-injection, les interventions chirurgicales, les médicaments ou les trousses de premiers secours. Ces écouvillons sont associés à des antiseptiques comme la chlorhexidine, le cétrimide ou des désinfectants comme l'alcool. Les écouvillons antiseptiques, qui contiennent des principes actifs et exercent une action ciblée et précise, sont classés parmi les produits médicaux.
Cependant, cela aurait nécessité le prélèvement d'écouvillons supplémentaires, en plus des trois utilisés pour cette étude. De plus, le système EasyMag d'isolement de l'ADN, utilisé ici, s'est avéré très adapté à l'extraction d'ADN à partir d'échantillons fécaux.
Les établissements de santé qui effectuent des prélèvements d'eau doivent faire analyser leurs échantillons par un laboratoire appliquant des méthodes éprouvées et des protocoles d'assurance qualité rigoureux. Les échantillons d'eau ne sont pas statiques à température ambiante ; des variations du nombre et des types de populations microbiennes peuvent survenir pendant le transport. Nous avons appliqué une exécution stricte selon le protocole pour toutes les procédures de cette étude afin d'évaluer l'impact des résultats isolés sur l'analyse du microbiote. D'autres aspects auraient pu être intéressants à analyser, comme l'évaluation de protocoles de conservation supplémentaires ou d'autres méthodes d'isolement de l'ADN.
L'échantillonnage par écouvillonnage permet d'identifier les contaminants organiques et inorganiques (poussières, pesticides, métaux, résidus de contaminants, etc.) sur des surfaces contrastées. Cette technique est particulièrement efficace sur les surfaces lisses comme le métal, le verre, les surfaces peintes et les feuilles.
Les méthodes d'écouvillonnage, et les écouvillons eux-mêmes, doivent donc permettre un prélèvement efficace de l'échantillon, sa conservation ultérieure et, finalement, la libération des cellules cibles. En 2003, le Clinical Laboratory Standards Institute a publié la norme M40-A, une norme approuvée pour le contrôle standard des techniques de transport microbiologique. Cela a permis, pour la première fois, de comparer et d'évaluer les écouvillons selon des critères définis. Les kits de prélèvement buccal FTA sont utilisés pour le prélèvement et l'analyse d'ADN, le plus souvent à partir de cellules buccales ou de sang. Le prélèvement d'échantillons buccaux à l'aide de cartes FTA est indolore et relativement facile, et constitue souvent la méthode privilégiée. Il existe plusieurs méthodes de prélèvement buccal, telles que les brossettes, les écouvillons, les cartes FTA ou IsoCode.
Parmi toutes les méthodes utilisées, les cartes FTA sont principalement utilisées, car elles produisent de l'ADN plus facilement identifiable par PCR que les écouvillons buccaux. De plus, ces cartes protègent l'ADN des rayons UV et contiennent un réactif qui l'immobilise et le stabilise directement dans la matrice de la carte. Un écouvillon est un petit morceau de coton utilisé par un médecin ou un infirmier pour nettoyer une plaie ou y appliquer une substance.
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