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Les LED et les filtres d'émission ont été choisis en fonction des longueurs d'onde d'excitation et d'émission du colorant fluorescent intercalant. Afin d'évaluer les performances de notre test de détection dans le cadre du processus scientifique actuel, un protocole utilisant des échantillons simulés de NP/écouvillon nasal a été développé, comme illustré à la figure 1. En raison de l'instabilité de l'ARN, l'utilisation de salive non traitée nécessite un transport rapide vers un laboratoire pour l'extraction du matériel viral et l'analyse de la réponse en chaîne par polymérase. L'étude était unique en ce qu'elle utilisait un nouveau kit de prélèvement contenant un conservateur et un liquide viricide, permettant un stockage et un transport sécurisés des échantillons. L'étude a confirmé la faisabilité d'un dispositif de prélèvement simple et sécurisé pour la détection salivaire du SARS-CoV-2 dans le cadre d'un centre de dépistage de la COVID-19.
Les figures 4A à C présentent un schéma, une image et des schémas mécaniques de la cartouche microfluidique de diagnostic utilisée pour la détection rapide du SARS-CoV-2 dans le VTM. Les zones d'amplification et de diagnostic comprennent six chambres d'amplification en forme de tarte.
Une fois les chambres d'amplification entièrement chargées, elles ont été scellées avec un adhésif biocompatible, puis la cartouche a été insérée dans le lecteur pour la réponse finale. Le chauffage intégré a été réglé à 65 °C et un smartphone a été utilisé pour réaliser l'imagerie. Les réactifs RT-LAMP et l'échantillon de VTM enrichi en virus ont été chargés à l'aide de seringues via des ports d'entrée Luer-Lock. La figure 4E présente le schéma de l'instrument POC portable, illustrant une vue éclatée des composants et détaillant les composants du lecteur. Pendant que le smartphone photographie la cartouche, le chauffage isotherme et l'éclairage sont alimentés par batterie.
Pour l'évaluation de chaque échantillon médical, une cartouche microfluidique a été utilisée. De même, chaque test comprenait l'analyse de six sous-échantillons (six chambres d'amplification en forme de tarte). Les images de fluorescence ont été analysées à l'aide du logiciel Image J, et l'intensité de fluorescence de chaque réplicat a été tracée en fonction du temps (Fig. 5A). Les tests t ont été réalisés pour montrer que l'intensité de fluorescence des échantillons positifs est statistiquement significative par rapport aux échantillons négatifs (Fig. 5B).
La cartouche comportait des canaux microfluidiques serpentins 3D permettant le mélange des virus de l'échantillon VTM avec les réactifs d'amplification. Après le mélange, le mélange de réponse final est introduit dans les réservoirs d'amplification. Ces réservoirs ont été spécialement conçus pour permettre un remplissage uniforme de l'ensemble des chambres, comme le montre la vidéo S1.
Les chercheurs ont conclu que, malgré un taux de détection estimé inférieur à celui des tests par écouvillonnage, les tests salivaires pourraient présenter un intérêt particulier pour les populations isolées, vulnérables ou en difficulté. L'équipe a mené cette étude afin de déterminer le taux de détection du SARS-CoV-2 à l'aide d'un nouveau kit auto-administré de prélèvement salivaire, par rapport aux tests par écouvillonnage classiques.
Enfin, nous démontrons la détection du virus SARS-CoV-2 à partir d'échantillons scientifiques à l'aide des échantillons VTM prélevés sur des patients et de notre lecteur portable. Lors de ces tests, les échantillons ont été chargés manuellement, sans pompe. Le lecteur portable comprenait les éléments chauffants et l'optique nécessaires à la réalisation et à l'enregistrement de la réaction.
Les courbes caractéristiques de fonctionnement du récepteur ont été tracées pour comparer les échantillons positifs et les échantillons défavorables à chaque niveau de temps (Fig. 5C). L'ASC pour 40 et 30 min était de 1,00 dans chaque cas, ce qui montre que notre système peut différencier avec précision les échantillons positifs des échantillons négatifs après 30 min. La figure 5D présente les images d'amplification obtenues pour l'ensemble des échantillons examinés au point final de détection.
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