Écouvillons à micropointes

Nous avons caractérisé le test en trempant des écouvillons dans du liquide nasal synthétique enrichi en virus, en les transférant dans un milieu de transport viral et en prélevant un volume de VTM pour réaliser le test RT-LAMP sans équipement d'extraction d'ARN. Ce test a une limite de détection de 50 copies d'ARN par μL dans la solution de VTM en 30 minutes.

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Les micro-tiges sont idéales pour retirer les cils un par un, nettoyer les petites imperfections de colle et appliquer le fixateur. Leur embout flexible ultra-efficace permet une application précise et sans peluches du produit sur les extensions de cils, tout en préservant un environnement stérile.

Par conséquent, nous proposons que le prélèvement du microbiote intestinal à partir de selles ou par écouvillonnage rectal, sans préparation intestinale préalable, soit probablement la méthode la plus répandue pour l'analyse d'un microbiote réel et non perturbé. Les écouvillons rectaux constituent une méthode intéressante pour prélever le microbiote intestinal en milieu clinique, sans les inconvénients du prélèvement de selles ou de muqueuses. Les sujets n'ont pas besoin de prélever des échantillons fécaux à domicile, ni de préparation ni de procédures invasives. L'applicabilité des écouvillons rectaux est soulignée par leur utilisation courante en routine clinique et leur possibilité de prélèvement à chaque consultation.

Les profils sont similaires à ceux des échantillons fécaux de patients non préparés, notamment pour le phylum Bacteroidetes. Nous suggérons que les écouvillons rectaux pourraient être parfaitement adaptés aux études à grande échelle et aux applications cliniques courantes de profilage du microbiote. Alors que la corrélation entre les profils d'écouvillon et les profils fécaux était assez élevée chez les patients n'ayant pas bénéficié d'une préparation intestinale approfondie pour la coloscopie, la similarité entre les différents types d'échantillons était nettement plus faible dans le groupe coloscopie. Cela était probablement dû au lavage intestinal préparatoire, qui a évidemment affecté le contenu intestinal.

Actuellement, les selles constituent le type d'échantillon le plus couramment utilisé pour l'analyse du microbiote intestinal. Le diagnostic microbien classique sur les selles se concentre sur la gastro-entérite infectieuse. Cependant, pour une analyse plus complète du microbiote intestinal, l'échantillonnage, le stockage et le traitement des échantillons ont un impact significatif sur l'analyse de la composition obtenue. Le modèle optimal doit être facile à obtenir de manière standardisée, sans perturbation préalable du microbiote.

Nous démontrons plus en détail notre test en détectant le virus SARS-CoV-2 à partir de 20 échantillons médicaux. Enfin, nous présentons un dispositif POC portable et en temps réel permettant de détecter le SARS-CoV-2 à partir d'échantillons VTM, à l'aide d'une cartouche tridimensionnelle fabriquée de manière additive et d'un lecteur pour smartphone. Le système POC a été testé sur 10 échantillons cliniques et a permis de détecter le SARS-CoV-2 en distinguant les échantillons positifs des échantillons négatifs après 30 minutes. Ce travail démontre une voie alternative pour le diagnostic du SARS-CoV-2, ne nécessitant pas d'infrastructure de laboratoire standard, dans les contextes où le diagnostic est requis au niveau du prélèvement d'échantillons. Dans cette étude, nous avons démontré que les écouvillons rectaux constituent une bonne technique pour produire des profils de microbiote hautement reproductibles.

La pandémie de COVID-19 illustre l'urgence d'un décalage entre la disponibilité des diagnostics de pointe et les besoins actuels. À mesure que les protocoles de dosage et les séquences d'amorces se généralisent, de nombreux laboratoires effectuent des tests diagnostiques à l'aide de méthodes telles que la RT-PCR ou l'amplification isotherme médiée par la boucle de transcription inverse (RT-LAMP). Nous présentons ici un test isotherme RT-LAMP pour la détection du coronavirus du syndrome respiratoire aigu sévère 2 (SARS-CoV-2) et le démontrons sur des échantillons médicaux à l'aide d'un instrument simple et accessible au chevet du patient.