Micro-écouvillons Lash Out,

Ce test peut s'avérer intéressant grâce à sa lecture colorimétrique, qui pourrait ouvrir la voie à de nouvelles applications et à de nouveaux facteurs de type. Cependant, la préparation de l'échantillon comprend une étape d'extraction d'ARN par billes, ce qui pourrait accroître le coût et le temps de réalisation du test. La propagation rapide de la pandémie de COVID-19 met en évidence les lacunes du modèle actuel de tests en laboratoire pour le diagnostic viral.

Cependant, ce test nécessite le système GeneXpert, dont seulement 5 000 exemplaires sont disponibles aux États-Unis. L'extraction d'ARN est également une étape distincte de l'amplification et de la détection, ce qui limite l'évolutivité et peut limiter la disponibilité face à la demande croissante de fournitures essentielles. L'expertise d'amplification isotherme d'Abbott ID NOW permet d'obtenir des résultats positifs en moins de 15 minutes, tout en offrant un appareil compact et léger.

Cependant, ce test nécessite également un instrument spécialisé dont les problèmes de disponibilité sont dûment documentés (24⇓–26). La précision de ce test peut également poser problème, bien que les déclarations à ce sujet restent à l'étude. Une autre technologie isotherme performante est le test de diagnostic SARS-CoV-2 LAMP de Color Genomics, avec une limite de détection d'environ 0,75 copie d'ARN viral par microlitre, avec une concordance positive et négative à 100 % pour 543 échantillons de patients.

Bien que le modèle actuel de dépistage du SARS-CoV-2 en laboratoire soit évolutif et automatisable pour un débit optimal, il pourrait être urgent de trouver des solutions alternatives élargissant les possibilités de dépistage au point de service et dans les milieux à faibles ressources. Si des sources de dépistage existent dans certaines zones densément peuplées et riches, certaines régions n'ont pas facilement accès à des tests en laboratoire nécessitant un équipement, une infrastructure et une expérience spécialisés.

Pour élargir cet accès, il est nécessaire de disposer de technologies rapides, portables et économiques, tout en offrant des seuils de détection comparables à ceux des méthodes de laboratoire. Avant de tester les échantillons médicaux, une première évaluation de la plateforme a été réalisée en ajoutant du SARS-CoV-2 inactivé (5 000 copies par μL) et un témoin négatif (0 copie par μL) dans du VTM. Les images de fluorescence en temps réel, soustraites de la valeur initiale, de l'amplification sur la cartouche pour 5 000 copies par μL de virus dans le VTM et le contrôle négatif sont présentées dans l'annexe SI, figure. De même, la vidéo S1 présente également une vidéo horodatée de l'amplification sur la cartouche pour 5 000 copies par μL de virus dans le VTM et le contrôle négatif.

Si la PCR demeure la référence absolue en matière de diagnostic clinique, il est urgent de développer d'autres approches suffisamment économiques et rapides pour fournir un diagnostic dès l'utilisation. Une limitation importante des tests actuels de détection du SARS-CoV-2 réside dans leur recours à des protocoles longs et laborieux, réalisés en laboratoire, pour l'isolement viral, la lyse et l'élimination des substances inhibitrices. Si la RT-PCR demeure la référence absolue pour la réalisation de diagnostics cliniques visant à amplifier les séquences d'ARN, il existe un besoin urgent de plateformes de test alternatives rapides, précises, simples et portables. Nous présentons ici une détection isotherme du SARS-CoV-2 par RT-LAMP, à l'aide d'une cartouche fabriquée de manière additive et d'un appareil pour smartphone, permettant des tests réalisables au moment de la collecte d'échantillons. Le nouveau test, qui s'appuie toujours sur la PCR pour transformer l'ARN viral en ADN puis amplifier les séquences, peut traiter environ 90 échantillons en moins de trois heures, rapporte STAT, avec le potentiel de s'adapter beaucoup plus largement dans les grands laboratoires grâce à l'automatisation.

Grâce à ce profil enrichi, une détection positive a été obtenue en seulement 30 minutes à compter du début de la réaction. Le flux de travail complet, de la collecte du profil à l'analyse à l'aide de notre système mobile, est illustré à la figure 1A. Le profil est d'abord acquis auprès du patient à l'aide d'un écouvillon nasopharyngé. Ensuite, l'écouvillon est transféré dans la solution de VTM et agité doucement pour transférer les virus de l'écouvillon dans le VTM.

Troisièmement, l'écouvillon est jeté et des aliquotes du VTM sont lysées thermiquement (95 °C, 1 min). Ensuite, l'échantillon lysé et les réactifs RT-LAMP sont chargés dans des seringues de 1 et 5 ml respectivement, puis les seringues sont fixées à la cartouche microfluidique, et l'échantillon lysé et les réactifs RT-LAMP sont injectés simultanément dans la cartouche. Enfin, la cartouche est placée dans le support mobile du smartphone, et l'amplification des acides nucléiques par un colorant fluorescent intercalé a lieu à 65 °C. La fluorescence générée pendant l'amplification est surveillée en temps réel à l'aide de la caméra d'un smartphone, et l'analyse des images indique le moment de l'amplification. Le test Cepheid SARS-CoV-2 peut fournir des résultats positifs et négatifs pour la détection du SARS-CoV-2 en environ 30 et 45 minutes, respectivement.

La méthode de référence actuelle pour la détection du virus SARS-CoV-2 à partir d'écouvillons nasaux repose sur la RT-PCR, qui nécessite également des protocoles d'extraction et de concentration virale en laboratoire. La plupart des tests de diagnostic de la COVID-19 disponibles dans le commerce aux États-Unis, en Europe et en Asie sont des techniques de paillasse destinées à une utilisation en laboratoire et ne sont pas adaptées à la portabilité ni aux applications ponctuelles.