Micro-écouvillons roses

Les limites de détection ci-dessus dans le liquide nasal s'élèvent à 10 copies par μL et 100 copies par μL de virus dans le VTM après changement d'écouvillon, ce qui est comparable aux expériences de contrôle où les virus ont été directement ajoutés au VTM. Cela indique une libération virale efficace dans 500 μL de VTM, avec un taux de transfert proche de 100 %. Nous avons ensuite comparé la limite de détection (LDD) des quatre ensembles d'amorces sélectionnés en amplifiant des dilutions en série de l'ARN du SARS-CoV-2 (Fig. 1D). Les réactions réalisées avec les amorces du gène N ont montré la LOD la plus faible et les temps d'amplification les plus rapides, avec 50 copies par μL amplifiées dans les 25 minutes suivant le début de la réponse. Sur la base de ces résultats, nous avons sélectionné le jeu d'amorces 1 ciblant le gène N comme jeu d'amorces final pour notre test RT-LAMP pour la détection du SARS-CoV-2.

Le diagnostic repose sur la découverte du parasite dans les sécrétions vaginales au microscope, la culture vaginale ou urinaire, ou l'analyse de l'ADN du parasite. Trichomonase (Autres noms : trichomonase). Micrographie montrant un résultat positif pour la trichomonase.

Les 10 échantillons reconnus positifs par RT-PCR et les 10 échantillons reconnus négatifs par RT-PCR étaient également positifs et négatifs par notre test RT-LAMP (Fig. 3B). Ainsi, la sensibilité et la spécificité de notre test pour le SARS-CoV-2 étaient de 100 %, avec des taux de faux positifs et de faux négatifs de 0 %.

Les volumes d'échantillons étaient variés, de sorte que le volume du fluide nasal enrichi représentait 12,5 %, 25 % ou 50 % du volume réactionnel total. Une réaction a été réalisée selon le même format, avec un volume réactionnel total de 96 μL, dont 48 μL pour le volume d'échantillon. Dans toutes ces réactions, les concentrations de tous les autres composants ont été maintenues comme indiqué précédemment pour la réaction de 16 μL. Les réactions réalisées avec des virus inactivés par la chaleur incluaient une étape de lyse thermique. D'abord dilués en série dans du tampon TE, les échantillons viraux ont ensuite été lysés thermiquement dans un appareil de chauffage à 95 °C pendant une minute avant d'être ajoutés au mélange réactionnel final.

Un tableau présentant les seuils d'occurrence (test RT-LAMP) et les valeurs Ct est présenté dans l'annexe SI, tableau S2. Pour 500 μL de VTM avec une réponse de 12,5 % et 50 % de VTM, la limite de détection (LDD) s'est améliorée à 250 copies par μL et 2,5E3 copies par μL de virus dans le liquide nasal, respectivement.

La trichomonase est une infection sexuellement transmissible qui se transmet le plus souvent par voie vaginale, orale ou anale. Les personnes infectées peuvent développer la maladie même en l'absence de symptômes.