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Os limites de detecção acima no fluido nasal equivalem a 10 cópias por μL e cem cópias por μL de vírus em VTM após a troca do swab, que são comparáveis aos experimentos de controle onde os vírus foram imediatamente adicionados em VTM. Isso representa uma liberação viral eficiente em 500 μL de VTM, com eficiência de transferência próxima a 100%. Em seguida, comparamos o LOD dos quatro conjuntos de primers selecionados, amplificando diluições seriadas do RNA do SARS-CoV-2 (Fig. 1D). As reações realizadas com os primers do gene N demonstraram o menor LOD e os tempos de amplificação mais rápidos, com 50 cópias por μL amplificando em até 25 minutos após o início da resposta. Com base nesses resultados, selecionamos o conjunto de primers 1, com foco no gene N, como o conjunto de primers definitivo para nosso ensaio RT-LAMP para detecção do SARS-CoV-2.
O diagnóstico é feito pela descoberta do parasita no fluido vaginal utilizando um microscópio, cultura da vagina ou urina ou teste de DNA do parasita. TricomoníaseOutros nomesTrichMicrografia mostrando um resultado positivo para tricomoníase.
Todas as 10 amostras reconhecidas como construtivas por RT-PCR e todas as 10 amostras reconhecidas como desfavoráveis por RT-PCR foram também positivas e desfavoráveis em nosso ensaio RT-LAMP (Fig. 3B). Assim, a sensibilidade e a especificidade do nosso ensaio para SARS-CoV-2 foram de 100%, com taxas de falsos negativos e falsos positivos de 0%.
Os volumes de amostra foram variados, de modo que o volume do padrão de fluido nasal adicionado foi de 12,5%, 25% ou 50% do volume total da reação. Uma reação foi realizada no mesmo formato, na qual a quantidade total da reação foi de 96 μL, dos quais 48 μL foi o volume do padrão. Em todas essas reações, as concentrações de todos os outros componentes da reação foram mantidas conforme mencionado acima para a reação de 16 μL. As reações realizadas com vírus inativados pelo calor incluíram uma etapa de lise térmica. Primeiramente diluídas em série em tampão TE, as amostras virais foram então lisadas termicamente em um aquecedor a 95 °C por 1 min antes de serem adicionadas à mistura de reação final.
Uma tabela exibindo os valores de limiar (ensaio RT-LAMP) e os valores de Ct são mostrados no Apêndice SI, Tabela S2. Para 500 μL de VTM com 12,5% e 50% de VTM em resposta, o LOD melhorou para 250 cópias por μL e 2,5E3 cópias por μL de vírus no fluido nasal, respectivamente.
A tricomoníase é uma infecção sexualmente transmissível, mais frequentemente transmitida por sexo vaginal, oral ou anal. Pessoas infectadas podem desenvolver a doença mesmo sem apresentar sintomas.
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