Écouvillonnage de surface, écouvillons de surface stériles1

L'étude présentée ici a été spécifiquement conçue pour évaluer la faisabilité et la reproductibilité d'une méthode d'échantillonnage pratique pour le profilage du microbiote intestinal, facilement utilisable en contexte clinique de routine. Concernant l'observance du traitement par les patients, nous avons constaté qu'ils étaient généralement disposés à subir la procédure après une brève explication. Compte tenu du manque de biomasse, nous n'avons trouvé aucune preuve de ce problème théorique dans notre étude. Nous émettons l'hypothèse que l'ampleur de ce problème potentiel est limitée, la charge bactérienne rectale étant bien supérieure à celle de la peau. Nous avons déjà effectué des analyses de répétabilité et de reproductibilité sur des biopsies muqueuses et des échantillons fécaux.

Auparavant, le prélèvement d'échantillons par écouvillonnage pour les tests génétiques était limité à certains types et matériaux d'écouvillons, principalement en fibres synthétiques. iSWAB Microbiome nous permet désormais d'utiliser facilement et de manière fiable tout type d'écouvillon disponible, y compris les écouvillons en fibres synthétiques, en rayonne, en Dacron et en coton bon marché, pour prélever des échantillons en vue du dépistage de la COVID-19.

Nous décrivons ici une méthode simplifiée de préparation d'échantillons de microbiome enrichis en virus et de microbiome entier à partir d'un seul écouvillon cutané ou de plaie à faible biomasse. Grâce à cette technique, nous produisons des échantillons enrichis en VLP avec un enrichissement en ADN viral de plusieurs centaines de fois, tout en conservant une fraction complète du microbiome. Les deux fractions produisent parfois une quantité suffisante d'ADN pour la préparation d'une banque de séquençage. Cette méthode pourrait présenter les avantages suivants en milieu médical.

Les valeurs mesurées ici pour les écouvillons rectaux sont très similaires aux résultats précédemment rapportés. La reproductibilité des échantillons d'écouvillons rectaux a été également soulignée par des corrélations élevées du profil total et une similarité des indices de diversité. Les tubes à écouvillon Greiner Bio-One conviennent au prélèvement d'échantillons bactériologiques, sérologiques ou cytologiques non humains en analyse vétérinaire. Ils sont également utiles pour les contrôles d'hygiène dans l'industrie agroalimentaire ainsi que pour les prélèvements environnementaux. Les tubes à écouvillon avec cotons-tiges font partie des produits de haute qualité disponibles pour une utilisation en laboratoire.

L'augmentation du rendement de ce protocole est probablement due à l'accumulation de petites améliorations. De plus, nous constatons que l'utilisation de la précipitation à l'éthanol pour la purification de l'ADN VLP est plus efficace que la purification sur colonne.

Cette solution est idéale pour la collecte locale, tant dans les pays développés que dans les pays en développement, car elle permet d'utiliser tous les écouvillons disponibles pour le prélèvement. Elle allège également la chaîne d'approvisionnement et élargit la liste des instruments disponibles pour lutter contre la pandémie de COVID-19.

Nous avons appliqué cette méthodologie en clinique et constaté qu'elle réduisait considérablement la quantité de contaminants réactifs et consommables détectés dans les données de séquençage de l'ARNr 16S. De plus, la méthode a produit des échantillons enrichis en VLP avec des taux de cartographie virale de lecture plus élevés que les extractions par paquets. Cependant, les taux de cartographie virale de lecture sont restés relativement faibles, probablement en raison d'une forte contamination de l'ADN humain et d'une base de données virale de référence incomplète. Nous émettons l'hypothèse que le degré élevé de contamination de l'ADN humain est dû à des rendements d'ADN accrus et à une digestion insuffisante par la DNase I, ce qui pourrait être corrigé par des concentrations de nucléases plus élevées et des temps d'incubation plus longs.

— ce qui signifie que le matériau de l'écouvillon n'interfère pas avec les fonctions en aval, comme les tests basés sur la PCR et le séquençage. Les échantillons prélevés avec des écouvillons en fibre synthétique, en coton avec tige en plastique ou en bois, et en alginate de calcium peuvent tous être utilisés avec une efficacité quasi équivalente pour le séquençage de nouvelle génération et la PCR, comme l'ont validé Mawi DNA Technologies et ses collaborateurs.

Français Les chercheurs ont recruté de manière prospective des personnes consécutives, asymptomatiques, à haut risque et des personnes présentant des symptômes légers évocateurs de la COVID-19. Sur les 1 939 échantillons appariés d'écouvillon et de salive analysés, le gène E du SARS-CoV-2 a été détecté dans 70 échantillons, 80,0 % avec des écouvillons et 68,6 % avec de la salive. Au total, 34 personnes (48,6 %) ont été testées positives au SARS-CoV-2 sur des échantillons d'écouvillon et de salive. Des résultats de test discordants ont été observés chez 22 participants (31,4 %) qui ont été testés positifs avec l'écouvillon seul et chez 14 (20 %) qui ont été testés positifs avec la salive seule. Des écouvillons ont été prélevés du nasopharynx chez 35,7 % des participants dont le test était positif avec la salive seule, contre 9,1 % des personnes dont le test était positif avec l'écouvillon seul.

La plupart des tampons ne sont pas disponibles dans le commerce aux concentrations utilisées ici, mais sont simplement préparés et stockés tels quels. Le traitement PS2 nécessite plus de temps sur paillasse, mais est moins coûteux en réactifs et produit systématiquement des rendements d'ADN supérieurs à ceux du PS1, ce qui permet d'obtenir des données de séquençage métagénomique et d'ARNr 16S de meilleure qualité.