Cotonetes de superfície, cotonetes de superfície estéreis1

O estudo aqui apresentado foi especificamente elaborado para avaliar a viabilidade e a reprodutibilidade de um método de amostragem conveniente para o perfil da microbiota intestinal, que pode ser facilmente utilizado em um ambiente clínico de rotina. Em relação à adesão do paciente, descobrimos que os pacientes geralmente estavam preparados para se submeter ao procedimento após uma breve explicação. Devido à escassez de biomassa, não encontramos evidências dessa desvantagem teórica em nosso estudo. Nossa hipótese é que a extensão dessa potencial desvantagem seja limitada, visto que a carga bacteriana no reto é ordens de magnitude maior do que na pele. Realizamos análises de repetibilidade e reprodutibilidade anteriormente em biópsias de mucosa e amostras fecais.

Anteriormente, a coleta de amostras para testes genéticos com base em swabs era limitada a tipos e materiais específicos de swabs, principalmente swabs de fibra sintética. Mas o iSWAB Microbiome nos permite usar de forma simples e confiável qualquer tipo de swab disponível, incluindo fibra sintética, rayon, dacron e swabs de algodão baratos, para coletar amostras para testes de COVID-19.

Aqui, descrevemos um método simplificado para a preparação de amostras de microbioma completo e enriquecidas com vírus a partir de um único swab de pele ou ferida de baixa biomassa. Utilizando essa técnica, produzimos amostras enriquecidas com VLP com enriquecimento de DNA viral de várias centenas de vezes e, além disso, retemos uma fração completa do microbioma. Ambas as frações, às vezes, produzem quantidade adequada de DNA para a preparação da biblioteca de sequenciamento. Este método pode proporcionar o seguinte benefício significativo em um ambiente médico.

Os valores medidos aqui para swabs retais são extremamente semelhantes aos achados relatados anteriormente. A reprodutibilidade das amostras de swabs retais foi ainda mais reforçada pelas altas correlações do perfil total e pela similaridade dos índices de variação. Os tubos para swabs da Greiner Bio-One são adequados para a coleta de amostras bacteriológicas, sorológicas ou citológicas não humanas em análises veterinárias. Também são úteis para controles higiênicos na indústria alimentícia, bem como em coletas de amostras ambientais. Os tubos para swabs com swabs de algodão são apenas um dos produtos de alta qualidade disponíveis para uso laboratorial.

O aumento do rendimento deste protocolo provavelmente se deve ao acúmulo de pequenas melhorias. Além disso, constatamos que o uso da precipitação com etanol para a purificação de DNA de VLP é mais eficiente do que a purificação em coluna.

Isso é ideal para coletas locais em países desenvolvidos e em desenvolvimento, pois permite o uso de qualquer swab disponível para coleta. Além disso, reduz a sobrecarga da cadeia de suprimentos, além de aumentar o estoque de instrumentos disponíveis para combater a pandemia de COVID-19.

Aplicamos essa metodologia na clínica e constatamos que ela reduziu drasticamente a quantidade de contaminantes de reagentes e consumíveis detectados nos dados de sequenciamento de rRNA 16S. Além disso, o método produziu amostras enriquecidas com VLP com taxas de mapeamento de leitura viral maiores do que as extrações baseadas em pacotes. No entanto, as taxas de mapeamento de leitura viral ainda foram relativamente baixas, provavelmente devido à alta contaminação por DNA humano e a um banco de dados de referência viral incompleto. Nossa hipótese é que o alto grau de contaminação por DNA humano se deve ao aumento da produção de DNA e à digestão insuficiente da DNase I, o que pode ser remediado com concentrações maiores de nuclease e tempos de incubação mais longos.

— o que significa que o material do swab não interferirá em funções posteriores, como em ensaios baseados em PCR e sequenciamento. Amostras coletadas com fibra sintética, algodão com haste de plástico ou madeira e swabs de alginato de cálcio podem ser usadas com eficácia praticamente igual em Sequenciamento de Nova Geração e PCR, conforme validado pela Mawi DNA Technologies e nossos colaboradores.

Os pesquisadores recrutaram prospectivamente pessoas consecutivas, assintomáticas, de alto risco e pessoas com sintomas leves sugestivos de COVID-19. Das 1.939 amostras pareadas de swab e saliva analisadas, o gene E do SARS-CoV-2 foi detectado em 70 amostras, 80,0% com swabs e 68,6% com saliva. Um total de 34 indivíduos (48,6%) testaram positivo para SARS-CoV-2 em amostras de swab e saliva. Resultados de teste discordantes foram observados em 22 participantes (31,4%) que testaram positivo apenas com swab e em 14 (20%) que testaram positivo apenas com saliva. Os swabs foram obtidos da nasofaringe em 35,7% dos participantes que testaram positivo apenas com saliva, em comparação com 9,1% dos indivíduos que testaram positivo apenas com swab.

A maioria dos tampões não está disponível pronta para uso nas concentrações utilizadas aqui, mas são simplesmente preparados e armazenados como tal. O processamento do PS2 requer mais tempo em laboratório, mas é mais barato em termos de reagentes, além de produzir consistentemente maiores rendimentos de DNA do que o PS1, o que, por sua vez, produz dados de rRNA 16S e sequenciamento metagenômico de maior qualidade.