Hisopado de superficies, hisopos de superficie estériles1

El estudio que se ofrece aquí se diseñó específicamente para evaluar la viabilidad y reproducibilidad de un método de muestreo conveniente para la determinación del perfil de la microbiota intestinal, que pueda utilizarse fácilmente en un entorno clínico rutinario. En cuanto al cumplimiento del paciente, observamos que, en general, estos se mostraron dispuestos a someterse al procedimiento tras una breve explicación. En cuanto a la escasez de biomasa, no encontramos evidencia de este problema teórico en nuestro estudio. Nuestra hipótesis es que el alcance de este posible problema es limitado, ya que la carga bacteriana en el recto es varios órdenes de magnitud mayor que en la piel. Hemos realizado previamente análisis de repetibilidad y reproducibilidad en biopsias de mucosa y muestras fecales.

Anteriormente, la recolección de muestras mediante hisopos para pruebas genéticas se limitaba a tipos y materiales específicos, principalmente hisopos de fibra sintética. Sin embargo, iSWAB Microbiome permite usar de forma sencilla y fiable cualquier tipo de hisopo disponible, como los de fibra sintética, rayón, dacrón y algodón económico, para recolectar muestras para las pruebas de COVID-19.

Aquí describimos un método simplificado para preparar muestras de microbioma completas y enriquecidas con virus a partir de un único hisopo de piel o herida de baja biomasa. Mediante esta técnica, producimos muestras enriquecidas con VLP con un enriquecimiento de ADN viral de varios cientos de veces y, además, conservamos una fracción completa del microbioma. Ambas fracciones a veces producen una cantidad suficiente de ADN para la preparación de bibliotecas de secuenciación. Este método podría ofrecer la siguiente ventaja en el ámbito médico.

Los valores medidos aquí para hisopos rectales son extremadamente similares a los hallazgos previamente reportados. La reproducibilidad de las muestras de hisopos rectales se vio reforzada por las altas correlaciones del perfil total y la similitud de los índices de rango. Los tubos para hisopos de Greiner Bio-One son adecuados para la toma de muestras bacteriológicas, serológicas o citológicas no humanas en análisis veterinarios. También son útiles para controles higiénicos en la industria alimentaria, así como en el muestreo ambiental. Los tubos para hisopos con hisopos de algodón son solo uno de los muchos productos de alta calidad disponibles para uso en laboratorio.

El mayor rendimiento de este protocolo probablemente se deba a la acumulación de pequeñas mejoras. Además, observamos que el uso de la precipitación con etanol para la purificación de ADN VLP es más eficiente que la purificación en columna.

Esto es ideal para la recolección de muestras localizadas tanto en países desarrollados como en desarrollo, ya que permite el uso de cualquier hisopo disponible para la recolección. Además, reduce la carga en la cadena de suministro y amplía la disponibilidad de instrumentos para combatir la pandemia de COVID-19.

Aplicamos esta metodología en la clínica y observamos que redujo drásticamente la cantidad de contaminantes de reactivos y consumibles detectados en los datos de secuenciación del ARNr 16S. Además, el método produjo muestras enriquecidas con VLP con tasas de mapeo de lecturas virales más altas que las extracciones basadas en paquetes. Sin embargo, las tasas de mapeo de lecturas virales fueron relativamente bajas, probablemente debido a la alta contaminación de ADN humano y a una base de datos de referencia viral incompleta. Nuestra hipótesis es que el alto grado de contaminación de ADN humano se debió al aumento de la producción de ADN y a una digestión insuficiente con DNasa I, lo cual podría remediarse con mayores concentraciones de nucleasa y tiempos de incubación más largos.

Esto significa que el tejido del hisopo no interferirá con funciones posteriores, como la PCR y los ensayos basados ​​en secuenciación. Las muestras recolectadas con hisopos de fibra sintética, algodón con mango de plástico o madera, y de alginato de calcio pueden utilizarse con prácticamente la misma eficacia en la secuenciación de nueva generación y la PCR, según lo validado por Mawi DNA Technologies y nuestros colaboradores.

Los investigadores reclutaron prospectivamente a personas consecutivas, asintomáticas y de alto riesgo, así como a personas con síntomas leves indicativos de COVID-19. De las 1939 muestras pareadas de hisopos y saliva analizadas, se detectó el gen E del SARS-CoV-2 en 70 muestras: el 80,0 % con hisopos y el 68,6 % con saliva. Un total de 34 personas (48,6 %) dieron positivo en la prueba de SARS-CoV-2 tanto en las muestras de hisopos como en las de saliva. Se observaron resultados discordantes en 22 participantes (31,4 %) que dieron positivo solo con hisopo y en 14 (20 %) que dieron positivo solo con saliva. Se obtuvieron hisopos de la nasofaringe en el 35,7 % de los participantes que dieron positivo solo con saliva, en comparación con el 9,1 % de los que dieron positivo solo con hisopo.

La mayoría de los tampones no están disponibles comercialmente en las concentraciones que se utilizan aquí, sino que se preparan y almacenan fácilmente. El análisis de PS2 requiere más tiempo en el laboratorio, pero es más económico en cuanto a reactivos, además de producir de forma constante mayores rendimientos de ADN que PS1, lo que a su vez genera datos de secuenciación metagenómica y de ARNr 16S de mayor calidad.