Взятие мазков с поверхности, стерильные мазки с поверхности1

Предлагаемое здесь исследование было специально проведено с целью оценки осуществимости и воспроизводимости удобного метода отбора проб для профилирования кишечной микробиоты, который можно было бы легко использовать в повседневной научной практике. Что касается приверженности пациентов, мы обнаружили, что они, как правило, были готовы к процедуре после краткой подготовки. Что касается нехватки биомассы, мы не нашли доказательств этого теоретического недостатка в нашем исследовании. Мы предполагаем, что степень этого потенциального недостатка ограничена, поскольку бактериальная нагрузка в прямой кишке на порядки выше, чем на коже. Ранее мы проводили анализ повторяемости и воспроизводимости на биопсиях слизистой оболочки и образцах кала.

Ранее ассортимент образцов для генетического тестирования, основанный преимущественно на тампонах, ограничивался определёнными типами и материалами тампонов, в основном тампонами из искусственного волокна. Однако iSWAB Microbiome позволяет нам легко и надёжно использовать любые доступные тампоны, включая тампоны из искусственного волокна, вискозы, дакрона и недорогие ватные тампоны, для сбора образцов для тестирования на COVID-19.

В данной работе мы описываем оптимизированный метод подготовки как обогащённых вирусами, так и полных образцов микробиома из одного мазка с кожи или раны с низкой биомассой. Используя этот метод, мы получаем образцы, обогащённые вирусоподобными частицами (ВПЧ), с обогащением вирусной ДНК в несколько сотен раз и, кроме того, сохраняем полную фракцию микробиома. Обе фракции иногда позволяют получить достаточное количество ДНК для подготовки библиотеки секвенирования. Этот метод может обеспечить следующие существенные преимущества в медицинской практике.

Полученные здесь значения для ректальных мазков чрезвычайно близки к ранее опубликованным данным. Воспроизводимость результатов ректальных мазков была дополнительно подтверждена высокой общей корреляцией профилей и сходством индексов размаха. Тампоны Greiner Bio-One подходят для взятия бактериологических, серологических и цитологических образцов, не относящихся к человеку, в ветеринарных исследованиях. Они также полезны для гигиенического контроля в пищевой промышленности и при отборе проб окружающей среды. Тампоны с ватными палочками, безусловно, являются одним из высококачественных продуктов, предлагаемых для лабораторного использования.

Повышенный выход при использовании этого протокола, вероятно, обусловлен накоплением небольших улучшений. Кроме того, мы обнаружили, что осаждение этанолом для очистки ДНК ВПЧ более экологично, чем очистка преимущественно на колонках.

Это идеально подходит для сбора образцов в местах как в развитых, так и в развивающихся странах, поскольку позволяет использовать любые доступные тампоны. Кроме того, это снижает нагрузку на цепочку поставок и увеличивает количество доступных инструментов для борьбы с пандемией COVID-19.

Мы применили эту методологию в клинике и обнаружили, что она значительно снизила количество примесей реагентов и расходных материалов, обнаруженных в данных секвенирования 16S рРНК. Кроме того, метод позволил получить образцы, обогащенные вирусоподобными частицами (ВПЧ), с более высокой скоростью картирования вирусных ридов, чем при экстракции с использованием упаковки. Однако скорость картирования вирусных ридов оставалась относительно низкой, что, вероятно, связано с высокой контаминацией ДНК человека и неполной базой данных вирусных референсных образцов. Мы предполагаем, что высокая степень контаминации ДНК человека была обусловлена ​​повышенным выходом ДНК и недостаточным расщеплением ДНКазой I, что может быть устранено за счет повышения концентрации нуклеазы и увеличения продолжительности инкубации.

— это означает, что ткань тампона не будет мешать последующим функциям, таким как ПЦР и секвенирование, основанные преимущественно на анализах. Образцы, собранные с помощью синтетических волокон, хлопковых тампонов с пластиковым или деревянным стержнем, а также тампонов из альгината кальция, практически одинаково эффективно используются в секвенировании нового поколения и ПЦР, что подтверждено Mawi DNA Technologies и нашими коллегами.

Исследователи проспективно включали в исследование последовательных бессимптомных лиц из группы высокого риска и лиц с легкими симптомами, указывающими на COVID-19. Из 1939 проанализированных парных образцов мазков и слюны ген E SARS-CoV-2 был обнаружен в 70 образцах, в 80,0% — в мазках и в 68,6% — в слюне. В общей сложности 34 человека (48,6%) дали положительный результат на SARS-CoV-2 как в мазках, так и в образцах слюны. Дискордантные результаты тестов наблюдались у 22 участников (31,4%), у которых положительный результат был получен только с мазком, и у 14 (20%), у которых положительный результат был получен только со слюной. Мазки из носоглотки были взяты у 35,7% участников с положительным результатом только со слюной, по сравнению с 9,1% участников с положительным результатом только с мазком.

Большинство буферов в используемых здесь концентрациях не доступны в готовом виде, а просто готовятся и хранятся в таком виде. Обработка в PS2 требует больше времени на лабораторном столе, но менее затратна с точки зрения реагентов и обеспечивает стабильно более высокий выход ДНК, чем PS1, что, в свою очередь, обеспечивает более высокое качество данных 16S рРНК и метагеномного секвенирования.