prélèvement environnemental

Cela souligne que l'analyse du microbiote intestinal représente un objectif potentiellement intéressant pour le diagnostic scientifique. Actuellement, les échantillons les plus couramment utilisés sont les selles et les biopsies muqueuses. Étant donné que la méthode d'échantillonnage, le stockage et le traitement des échantillons influencent l'analyse du microbiote, chaque type d'échantillon présente ses propres limites. Un échantillon idéal pour les diagnostics de routine doit être facile à obtenir de manière standardisée, sans perturber le microbiote. Les écouvillons rectaux pourraient répondre à ces critères, mais l'analyse du microbiote sur ces échantillons est mal connue.

Il suffit d'acquérir un échantillon environnemental et d'enclencher l'ampoule située sur le dessus de l'appareil pour injecter 1 ml de milieu dans l'échantillon. Cet article démontre la détection par RT-LAMP du SARS-CoV-2 au point de contact (POC) à l'aide d'un système de diagnostic simple et portable basé sur une cartouche tridimensionnelle fabriquée par fabrication additive et un lecteur optique pour smartphone.

Nous démontrons le système de diagnostic clinique en détectant le SARS-CoV-2 dans dix échantillons biologiques en milieu de transport viral, sans recourir à aucun autre équipement externe pour le mélange des échantillons/réactifs, l'amplification ou la lecture. Nous présentons également une caractérisation détaillée du développement du test à l'aide de VTM, de solutions nasales artificielles enrichies et de l'analyse d'échantillons biologiques de VTM prélevés chez des patients. En conclusion, il est essentiel de définir les exigences pour un échantillonnage reproductible et précis du microbiote intestinal, applicable en routine clinique. Nous avons constaté que les écouvillons rectaux constituaient une méthode pratique d'échantillonnage du microbiote intestinal humain. Les échantillons obtenus ressemblaient au microbiote fécal et présentaient un profil hautement reproductible, qu'ils aient été prélevés à domicile par les patients ou par des professionnels de santé en ambulatoire.

Ainsi, la profondeur du séquençage viral est généralement limitée dans les échantillons à faible biomasse, ce qui inhibe le traitement bioinformatique en aval pour l'assemblage des contigs, la récapitulation des voisinages et l'annotation utile. De plus, l'utilisation d'un échantillonnage complet du métagénome ne permet pas de distinguer les lectures associées aux particules pseudo-virales de celles associées aux phages lysogènes intégrés au génome de leurs hôtes sous forme de prophages. Des méthodes ont été développées et caractérisées pour la purification des VLP à partir d'échantillons à forte biomasse, comme les matières fécales, ou prélevés à partir de grands volumes d'échantillons dilués, comme l'eau de mer.

Dans cette étude, nous avons examiné l'applicabilité des écouvillons rectaux à l'évaluation du microbiote intestinal en routine scientifique. Nous avons analysé l'impact des conditions de stockage et de traitement sur la reproductibilité et comparé les profils microbiens obtenus par écouvillonnage rectal à ceux obtenus à partir d'échantillons fécaux et muqueux. Nos résultats ont montré que les écouvillons rectaux sont bien adaptés à un échantillonnage régulier et efficace du microbiote intestinal. Ils sont utilisés pour la collecte, le transport et le stockage d'échantillons d'ADN/ARN viraux.

De plus, la plupart des stratégies de purification des VLP nécessitent un modèle distinct pour caractériser la fraction bactérienne, ce qui introduit une source de variation dans l'analyse si l'on doit caractériser le virome simultanément avec la fraction bactérienne. Les scénarios cliniques peuvent également entraver l'échantillonnage de plusieurs échantillons répliqués. Par conséquent, bien que ces méthodes puissent être appliquées aux échantillons de microbiome cutané, il pourrait être nécessaire de développer et de caractériser des protocoles simplifiés maximisant le rendement en ADN des VLP obtenues à partir d'échantillons cliniques typiques de peau et de plaies. La figure 5 illustre l'analyse de 10 échantillons cliniques à l'aide de notre système POC basé sur la RT-LAMP, qui présente une concordance complète avec les mesures de RT-PCR. Notre plateforme a fourni des images d'amplification de fluorescence en temps réel, sans aucun autre équipement externe.

Ce produit est adapté à la conservation des écouvillons pharyngés, nasaux ou tissulaires dans des composants spécifiques après prélèvement. Les échantillons conservés peuvent être utilisés dans des expériences cliniques ultérieures, telles que l'extraction/purification d'acides nucléiques, les expériences de PCR et le séquençage de nouvelle technologie. Malgré ces progrès, peu de travaux ont été réalisés pour optimiser la récupération d'ADN à partir de la fraction phagique du microbiome cutané, ce qui présente des défis uniques. Le séquençage du virome nécessite un séquençage « shotgun » des préparations d'ADN génomique en raison de l'absence de gènes conservés. Bien que les phages soient plus nombreux que les bactéries en termes de nombre de particules, la petite taille de leurs génomes signifie que seule une faible proportion de l'ADN d'un motif représente généralement des génomes phagiques.

Dans cette étude, nous avons étudié les caractéristiques et l'applicabilité des écouvillons rectaux pour le profilage du microbiote intestinal en contexte clinique de routine chez des patients présentant divers troubles gastro-intestinaux. Nous avons constaté que les écouvillons rectaux semblaient constituer un moyen pratique d'échantillonner le microbiote intestinal humain. De nombreuses techniques de collecte et de transport par écouvillon sont utilisées pour le prélèvement et le transport d'échantillons vers les laboratoires de microbiologie en vue de la restauration des organismes. Q-Swab est un système de collecte et de distribution d'échantillons prêt à l'emploi pour l'échantillonnage des surfaces environnementales.