Hisopado ambiental

Esto subraya que el análisis de la microbiota intestinal es un objetivo potencialmente fascinante para el diagnóstico científico. Actualmente, los tipos de muestra más utilizados son las heces y las biopsias de mucosa. Dado que el método de muestreo, el almacenamiento y el procesamiento de las muestras influyen en la evaluación de la microbiota, cada tipo de muestra presenta sus propias limitaciones. Un tipo de muestra ideal para el diagnóstico de rutina debe ser fácil de obtener de forma estandarizada sin perturbar la microbiota. Los hisopos rectales pueden cumplir estos criterios, pero se sabe poco sobre la evaluación de la microbiota en estos tipos de muestra.

Simplemente adquiera un patrón ambiental y presione la pera en la parte superior del dispositivo para liberar 1 ml de medio en la muestra. Este artículo demuestra la detección mediante RT-LAMP del SARS-CoV-2 en el punto de atención (POC) mediante un sistema de diagnóstico sencillo y portátil basado en un cartucho tridimensional de fabricación aditiva y un lector óptico para smartphone.

Demostramos el sistema de diagnóstico con propósito de atención mediante la detección del SARS-CoV-2 en 10 muestras científicas de medio de transporte viral sin utilizar ningún otro equipo externo para la mezcla de muestras/reactivos, la amplificación o la lectura. Además, presentamos una caracterización detallada del desarrollo del ensayo utilizando VTM, soluciones nasales artificiales enriquecidas y el análisis de muestras científicas de VTM de pacientes. En conclusión, es fundamental definir los requisitos para un muestreo reproducible y preciso de la microbiota intestinal que pueda implementarse en la práctica clínica habitual. Descubrimos que los hisopos rectales fueron una técnica práctica para el muestreo de la microbiota intestinal humana. Las muestras obtenidas se asemejaron a la microbiota fecal y mostraron un perfil altamente reproducible, independientemente de si fueron recolectadas en casa por los pacientes o por profesionales médicos en un entorno ambulatorio.

Por lo tanto, la profundidad de la secuenciación viral suele ser limitada en muestras de baja biomasa, lo que inhibe el procesamiento bioinformático posterior para el ensamblaje de contigs, la recapitulación de vecindades y la anotación útil. Además, el muestreo completo del metagenoma no permite distinguir entre las lecturas asociadas con partículas similares a virus y las asociadas con fagos lisogénicos que se integran en los genomas de sus hospedadores como profagos. Se han desarrollado y caracterizado métodos para la purificación de VLP a partir de muestras de alta biomasa, como heces, o recolectadas de grandes volúmenes de muestra diluida, como agua de mar.

En el presente estudio, investigamos la aplicabilidad de los hisopos rectales para la evaluación de la microbiota intestinal en un entorno científico rutinario. Analizamos el impacto de las condiciones de almacenamiento y procesamiento en la reproducibilidad y, en comparación con los perfiles microbianos obtenidos mediante hisopo rectal, los comparamos con los obtenidos en muestras fecales y mucosas. Nuestros resultados demostraron que los hisopos rectales son adecuados para el muestreo rutinario constante y eficiente de la microbiota intestinal. Se utilizan para la recolección, el transporte y el almacenamiento de muestras de ADN/ARN viral.

Además, la mayoría de las estrategias de purificación de VLP requieren un patrón independiente para caracterizar la fracción bacteriana, lo que introduce una variación en la evaluación si se necesita caracterizar el viroma simultáneamente con la fracción bacteriana. Las situaciones clínicas también pueden dificultar la selección de múltiples muestras replicadas. Por lo tanto, si bien estos métodos podrían aplicarse a muestras del microbioma cutáneo, podría ser necesario desarrollar y caracterizar protocolos optimizados que maximicen la producción de ADN de las VLP obtenidas de muestras clínicas típicas de piel y heridas. La figura 5 revela la evaluación de 10 muestras clínicas utilizando nuestro sistema POC basado en RT-LAMP, que presenta una coincidencia completa con las mediciones de RT-PCR. Nuestra plataforma proporcionó imágenes de amplificación de fluorescencia en tiempo real, sin necesidad de ningún otro equipo externo.

Este producto es apropiado para la conservación de hisopos faríngeos, nasales o muestras de tejido en componentes específicos tras el muestreo. Las muestras guardadas pueden utilizarse en experimentos clínicos posteriores, como la extracción/purificación de ácidos nucleicos, experimentos de PCR y secuenciación de última generación. A pesar de este progreso, se ha realizado relativamente poco trabajo para optimizar la recuperación de ADN de la fracción de fagos del microbioma cutáneo, lo que presenta desafíos únicos. La secuenciación del viroma requiere la secuenciación shotgun de preparaciones de ADN genómico debido a la falta de genes conservados. Aunque los fagos superan en número a las bacterias en cuanto a cantidad de partículas, el pequeño tamaño de sus genomas significa que, por lo general, solo una pequeña proporción del ADN de un patrón representa genomas de fagos.

En este estudio, investigamos las características y la aplicabilidad de los hisopos rectales para el perfilado de la microbiota intestinal en un entorno clínico rutinario en pacientes con diversos trastornos gastrointestinales. Descubrimos que los hisopos rectales resultaron ser un método conveniente para muestrear la microbiota intestinal humana. Se utilizan diversas técnicas de recolección y transporte basadas en hisopos para la recolección y el transporte de muestras al laboratorio de microbiología para la recuperación de microorganismos. Q-Swab es un sistema listo para usar para la recolección y el suministro de muestras en superficies ambientales.