Limpeza Ambiental

Isso reforça que a análise da microbiota intestinal é um objetivo potencialmente fascinante para o diagnóstico científico. Atualmente, os tipos de amostra mais utilizados são fezes e biópsias de mucosa. Como o método de amostragem, o armazenamento e o processamento das amostras influenciam a avaliação da microbiota, cada tipo de amostra tem suas próprias limitações. Um tipo de amostra ideal para uso em diagnósticos de rotina deve ser fácil de obter de forma padronizada, sem perturbação da microbiota. Swabs retais podem atender a esses critérios, mas pouco se sabe sobre a avaliação da microbiota nesses tipos de amostra.

Basta obter um padrão ambiental e encaixar a lâmpada na parte superior do dispositivo para liberar 1 mL de meio na amostra. Este artigo demonstra a detecção de SARS-CoV-2 POC por RT-LAMP usando um sistema de diagnóstico simples e portátil baseado em um cartucho tridimensional fabricado aditivamente e um leitor óptico para smartphone.

Demonstramos o sistema de diagnóstico com foco no propósito do tratamento, detectando SARS-CoV-2 em 10 amostras científicas de meio de transporte viral, sem a utilização de qualquer outro equipamento externo para a mistura de amostras/reagentes, amplificação ou leitura. Apresentamos também a caracterização detalhada do desenvolvimento do ensaio utilizando VTM, soluções nasais artificiais enriquecidas e a análise de amostras científicas de VTM de pacientes. Em conclusão, é fundamental definir requisitos para uma amostragem reprodutível e correta da microbiota intestinal que possa ser implementada na rotina clínica. Descobrimos que os swabs retais foram uma técnica útil para amostragem da microbiota intestinal humana. As amostras adquiridas assemelhavam-se à microbiota fecal e demonstraram um perfil altamente reprodutível, independentemente de terem sido coletadas em casa pelos pacientes ou por profissionais médicos em ambiente ambulatorial.

Assim, a profundidade do sequenciamento viral é comumente limitada em amostras de baixa biomassa, inibindo o processamento bioinformático posterior para montagem de contig, recapitulação de vizinhança e anotações úteis. Além disso, o uso de amostragem completa de metagenoma não consegue distinguir entre leituras associadas a partículas semelhantes a vírus e aquelas associadas a fagos lisogênicos que são integrados aos genomas de seus hospedeiros como prófagos. Métodos foram desenvolvidos e caracterizados para purificação de VLP a partir de amostras de alta biomassa, como fezes, ou coletadas de grandes volumes de amostra diluída, como água do mar.

No presente estudo, investigamos a aplicabilidade de swabs retais para avaliação da microbiota intestinal em um ambiente científico de rotina. Analisamos o impacto das condições de armazenamento e processamento na reprodutibilidade e comparamos os perfis microbianos obtidos por swabs retais com os obtidos em amostras fecais e de mucosa. Nossos resultados mostraram que os swabs retais são adequados para amostragem de rotina constante e eficiente da microbiota intestinal. São utilizados para coleta, transporte e armazenamento de amostras de DNA/RNA viral.

Além disso, a maioria das estratégias de purificação de VLPs requer um padrão separado para uso na caracterização da fração bacteriana, introduzindo assim uma margem de variação na avaliação caso seja necessário caracterizar o viroma simultaneamente com a fração bacteriana. Cenários clínicos também podem dificultar a seleção de múltiplas amostras replicadas. Portanto, embora esses métodos possam ser aplicados a amostras do microbioma da pele, pode haver a necessidade de desenvolver e caracterizar protocolos simplificados que maximizem o rendimento de DNA de VLPs obtidas de amostras clínicas típicas de pele e feridas. A Figura 5 mostra a avaliação de 10 amostras clínicas utilizando nosso sistema POC baseado em RT-LAMP, que apresentou resolução completa com as medições de RT-PCR. Nossa plataforma forneceu imagens de amplificação de fluorescência em tempo real, sem a necessidade de qualquer outro equipamento externo.

Este produto é apropriado para a preservação de swabs faríngeos, swabs nasais ou amostras de tecido em componentes específicos após a coleta. As amostras salvas podem ser utilizadas em experimentos clínicos subsequentes, como extração/purificação de ácidos nucleicos, experimentos de PCR e sequenciamento de última geração. Apesar desse progresso, relativamente pouco trabalho foi realizado para otimizar a recuperação de DNA da fração fágica do microbioma da pele, o que apresenta desafios únicos. O sequenciamento do viroma requer sequenciamento shotgun de preparações de DNA genômico devido à falta de genes conservados. Embora os fagos superem as bactérias em número em termos de quantidade de partículas, o pequeno tamanho de seus genomas significa que, geralmente, apenas uma pequena proporção do DNA em uma amostra representa genomas fágicos.

Neste estudo, investigamos as características e a aplicabilidade de swabs retais para o perfil da microbiota intestinal em um ambiente de rotina científica em pacientes com diversos distúrbios gastrointestinais. Descobrimos que os swabs retais parecem ser um meio conveniente de coleta de amostras da microbiota intestinal humana. Diversas técnicas de coleta e transporte baseadas em swabs são utilizadas para a coleta e o transporte de amostras para o laboratório de microbiologia para restauração de microrganismos. O Q-Swab é um sistema de coleta e fornecimento de amostras pronto para uso para amostragem de superfícies ambientais.