Tamponi ambientali

Ciò sottolinea come l'analisi del microbiota intestinale rappresenti un obiettivo potenzialmente interessante per la diagnostica scientifica. Attualmente, i tipi di campione più comunemente utilizzati sono le feci e i campioni bioptici delle mucose. Poiché il metodo di campionamento, la conservazione e l'elaborazione dei campioni influenzano l'analisi del microbiota, ogni tipo di campione presenta i propri limiti. Un tipo di campione ideale da utilizzare nella diagnostica di routine deve essere facile da acquisire in modo standardizzato senza perturbare il microbiota. I tamponi rettali potrebbero soddisfare questi standard, ma si sa ancora poco sull'analisi del microbiota su questi tipi di campione.

È sufficiente acquisire un campione ambientale e far scattare la lampadina sulla parte superiore del dispositivo per rilasciare 1 ml di terreno di coltura nel campione. Questo articolo illustra il rilevamento RT-LAMP del SARS-CoV-2 POC utilizzando un sistema diagnostico semplice e portatile basato su una cartuccia tridimensionale prodotta in modo additivo e un lettore ottico per smartphone.

Dimostriamo il sistema diagnostico "purpose-of-care" rilevando il SARS-CoV-2 in 10 campioni di terreno di trasporto virale, senza utilizzare altri strumenti esterni per la miscelazione, l'amplificazione o la lettura del campione/reagente. Presentiamo inoltre una caratterizzazione dettagliata della crescita del test utilizzando VTM, soluzioni nasali arricchite artificialmente e l'analisi di campioni di VTM provenienti da pazienti. In conclusione, è fondamentale definire i requisiti per un campionamento riproducibile e accurato del microbiota intestinale, che possa essere implementato nella routine clinica. Abbiamo scoperto che i tamponi rettali si sono rivelati un metodo utile per il campionamento del microbiota intestinale umano. I campioni acquisiti presentavano caratteristiche simili al microbiota fecale e mostravano un profilo altamente riproducibile, indipendentemente dal fatto che fossero stati raccolti a casa dai pazienti o da medici in ambito ambulatoriale.

Pertanto, la profondità di sequenziamento virale è comunemente limitata nei campioni a bassa biomassa, inibendo l'elaborazione bioinformatica a valle per l'assemblaggio dei contig, la ricapitolazione dei quartieri e l'annotazione utile. Inoltre, l'uso del campionamento completo del metagenoma non è in grado di distinguere tra le letture associate a particelle simili a virus e quelle associate a fagi lisogeni che vengono integrati nei genomi dei loro ospiti come profagi. Sono stati sviluppati e caratterizzati metodi per la purificazione di VLP da campioni ad alta biomassa come feci o raccolti da grandi volumi di campione diluito, come l'acqua di mare.

Nello studio attuale abbiamo valutato l'applicabilità dei tamponi rettali per la valutazione del microbiota intestinale in un contesto scientifico di routine. Abbiamo analizzato l'impatto delle condizioni di conservazione e lavorazione sulla riproducibilità e, al contrario, sui profili microbici mediante tamponi rettali da campioni fecali e mucosi. I nostri risultati hanno dimostrato che i tamponi rettali sono adatti per un campionamento di routine costante ed efficiente del microbiota intestinale. Utilizzati per la raccolta, il trasporto e la conservazione di campioni di DNA/RNA virale.

Inoltre, la maggior parte delle strategie di purificazione delle VLP richiede un modello separato per la caratterizzazione della frazione batterica, introducendo così una fonte di variabilità nella valutazione se è necessario caratterizzare il viroma contemporaneamente alla frazione batterica. Gli scenari clinici possono anche ostacolare la raccolta di campioni replicati multipli. Pertanto, sebbene questi metodi possano essere applicati a campioni di microbioma cutaneo, potrebbe tuttavia essere necessario sviluppare e caratterizzare protocolli semplificati che massimizzino la resa del DNA dalle VLP ottenute da campioni clinici tipici di pelle e ferite. 5 mostra la valutazione di 10 campioni clinici utilizzando il nostro sistema POC basato su RT-LAMP, che presenta una completa stabilizzazione con le misurazioni RT-PCR. La nostra piattaforma ha fornito immagini di amplificazione della fluorescenza in tempo reale, senza la necessità di ulteriori apparecchiature esterne.

Questo prodotto è adatto alla conservazione di tamponi faringei, tamponi nasali o campioni di tessuto in componenti specifici dopo il campionamento. I campioni salvati possono essere utilizzati in successivi esperimenti clinici simili all'estrazione/purificazione di acidi nucleici, esperimenti di PCR e sequenziamento di nuova tecnologia. Nonostante questi progressi, sono stati condotti relativamente pochi studi per ottimizzare il recupero del DNA dalla frazione fagica del microbioma cutaneo, il che presenta sfide uniche. Il sequenziamento del viroma richiede il sequenziamento shotgun di preparazioni di DNA genomico a causa della mancanza di geni conservati. Sebbene i fagi siano più numerosi dei batteri in termini di quantità di particelle, le piccole dimensioni dei loro genomi fanno sì che solitamente solo una piccola parte del DNA in un pattern rappresenti genomi fagici.

In questo studio abbiamo indagato le caratteristiche e l'applicabilità dei tamponi rettali per la profilazione del microbiota intestinale in un contesto clinico di routine in pazienti affetti da numerose patologie gastrointestinali. Abbiamo scoperto che i tamponi rettali si sono dimostrati un mezzo pratico per campionare il microbiota intestinale umano. Molte tecniche di raccolta e trasporto basate su tamponi vengono utilizzate per la raccolta e il trasporto di campioni al laboratorio di microbiologia per il ripristino degli organismi. Q-Swab è un sistema di raccolta e trasporto di campioni pronto all'uso per il campionamento di superfici ambientali.