Взятие мазков из окружающей среды

Это подчёркивает, что анализ кишечной микробиоты является потенциально интересной целью для научной диагностики. В настоящее время наиболее часто используемыми образцами являются образцы кала и биопсии слизистой оболочки. Поскольку методы отбора проб, их хранение и обработка влияют на оценку микробиоты, каждый тип образца имеет свои ограничения. Идеальный образец для использования в рутинной диагностике должен быть простым и стандартизированным, без нарушения микробиоты. Ректальные мазки могут соответствовать этим стандартам, но мало что известно об оценке микробиоты в этих типах образцов.

Просто получите образец окружающей среды и нажмите на кнопку на верхней части устройства, чтобы ввести 1 мл среды в образец. В данной работе продемонстрировано обнаружение вируса SARS-CoV-2 методом RT-LAMP с помощью простой и мобильной диагностической системы, основанной на аддитивно изготовленном трёхмерном картридже и оптическом считывателе на базе смартфона.

Мы демонстрируем диагностическую систему, предназначенную для оказания медицинской помощи, путем обнаружения SARS-CoV-2 в 10 образцах вирусной транспортной среды без использования какого-либо внешнего оборудования для смешивания образцов/реагентов, амплификации или считывания данных. Мы также представляем подробную характеристику роста образца с использованием VTM, искусственных назальных растворов с добавлением инокулята и анализа образцов VTM, полученных от пациентов. В заключение, крайне важно определить требования к воспроизводимому и правильному отбору проб кишечной микробиоты, которые могут быть внедрены в клиническую практику. Мы обнаружили, что ректальные мазки оказались удобным методом отбора проб кишечной микробиоты человека. Полученные образцы напоминали фекальную микробиоту и имели высоковоспроизводимый профиль, независимо от того, были ли они собраны дома пациентами или амбулаторными врачами.

Таким образом, глубина вирусного секвенирования обычно ограничена в образцах с низкой биомассой, что затрудняет последующую биоинформатическую обработку для сборки контигов, рекапитуляции соседей и полезной аннотации. Кроме того, использование полного метагеномного отбора проб не позволяет различить риды, связанные с вирусоподобными частицами, и риды, связанные с лизогенными фагами, интегрированными в геномы хозяев в качестве профагов. Были разработаны и охарактеризованы методы очистки вирусоподобных частиц (ВПЧ) из образцов с высокой биомассой, таких как фекалии, или из больших объемов разбавленных образцов, соответствующих морской воде.

В настоящем исследовании мы изучили применимость ректальных мазков для оценки микробиоты кишечника в рутинных научных условиях. Мы проанализировали влияние условий хранения и обработки на воспроизводимость результатов и сравнили микробный профиль, полученный при взятии ректальных мазков, с профилем из образцов кала и слизистой оболочки. Наши результаты показали, что ректальные мазки хорошо подходят для постоянного и эффективного рутинного сбора образцов микробиоты кишечника. Они используются для сбора, транспортировки и хранения образцов вирусной ДНК/РНК.

Кроме того, большинство стратегий очистки VLP требуют использования отдельного шаблона для характеристики бактериальной фракции, что вносит запас вариаций в оценку, если необходимо охарактеризовать виром одновременно с бактериальной фракцией. Клинические ситуации также могут затруднить подбор нескольких повторных образцов. Таким образом, хотя эти методы могут быть применены к образцам микробиома кожи, тем не менее, может возникнуть необходимость в разработке и характеристике оптимизированных протоколов, максимизирующих выход ДНК из VLP, полученных из типичных клинических образцов пор, кожи и ран. 5 показывает оценку 10 клинических образцов с использованием нашей системы POC на основе RT-LAMP, которая полностью совпадает с измерениями RT-PCR. Наша платформа предоставляла изображения флуоресцентной амплификации в реальном времени без необходимости использования какого-либо внешнего оборудования.

Этот продукт подходит для сохранения мазков из зева, мазков из носа или образцов тканей в определенных компонентах после взятия проб. Сохраненные образцы могут быть использованы в последующих клинических экспериментах, таких как выделение/очистка нуклеиновых кислот, эксперименты с ПЦР и секвенирование с использованием новейших технологий. Несмотря на этот прогресс, сравнительно мало было сделано для оптимизации выделения ДНК из фаговой фракции микробиома кожи, что представляет уникальные проблемы. Секвенирование вирома требует дробного секвенирования препаратов геномной ДНК из-за отсутствия консервативных генов. Хотя фаги превосходят бактерии по количеству частиц, небольшой размер их геномов означает, что обычно лишь небольшая доля ДНК в образце представляет собой геномы фагов.

В данном исследовании мы изучили характеристики и применимость ректальных мазков для профилирования кишечной микробиоты в рутинных научных исследованиях у пациентов с различными желудочно-кишечными заболеваниями. Мы обнаружили, что ректальные мазки оказались удобным способом получения образцов микробиоты кишечника человека. Для сбора и транспортировки образцов в микробиологическую лабораторию для выделения микроорганизмов используется множество методов сбора и транспортировки, основанных на использовании мазков. Q-Swab — это готовая к использованию система сбора и подачи образцов для отбора проб с поверхностей окружающей среды.