Mise à jour sur le contrôle des infections dans la pratique clinique

Selon les instructions du fabricant, la préparation de la banque de séquençage Shotgun commence avec 0,01 à 10 ng par échantillon. La masse totale d'ADN récupérée dans les fractions VLP (phage + bactérie, déterminée par qPCR) variait de 0,63 ± 0,04 ng (à partir d'un échantillon contenant initialement 1,9 × 108 virions) à 1,2 ± 0,09 pg (à partir d'un échantillon contenant initialement 1,9 × 105 virions) (Fig. 2a).

Aucune différence significative n'a été observée dans les dilutions de taches de sang ou de salive traitées par PCR directe modifiée, mais l'exhaustivité du profil et le RFU total ont été globalement améliorés par rapport aux taches prélevées avec des cotons-tiges ou des 4N6FLOQSwabs™. Cette étude étaye l'hypothèse selon laquelle l'écouvillon direct microFLOQ® est capable d'acquérir d'infimes quantités d'ADN à partir de tissus en coton et pourrait également être considéré comme une méthode alternative de présélection dans les cas de biologie médico-légale. Le kit de prélèvement de virus est conçu pour le prélèvement, le transport et le stockage rapide d'ADN/ARN total dans des échantillons médicaux tels que la salive, le sang, le sérum, les selles, les liquides organiques, etc. Le conservateur lysera les organismes et inactivera les cellules, les bactéries et les virus.

L'utilisation de l'analyse du microbiote comme outil scientifique requiert un échantillonnage et une conservation efficaces et cohérents des échantillons. À cet égard, l'influence du traitement des échantillons et de la préparation intestinale par nettoyage intestinal sur la composition du microbiote des selles et des intestins est un enjeu important. Les FLOQSwabs®, de conception anatomique, sont le fruit d'une étroite collaboration avec des médecins et des microbiologistes scientifiques, et d'une volonté constante d'optimiser l'efficacité du prélèvement et du transport des échantillons pré-analytiques. Il en résulte une efficacité et une reproductibilité optimisées de la sélection d'analytes cibles, une dynamique de passage et une sensibilité de dosage améliorées, ainsi que des capacités de test étendues.

Alors que le nombre de cas de COVID-19 continue de croître dans le monde, des tests facilement accessibles et fiables sont essentiels pour comprendre et ralentir la propagation de la maladie. Cependant, notre chaîne d'approvisionnement présente des difficultés particulières qui limitent nos capacités de dépistage, notamment en matière de collecte d'échantillons. Ce défi représente néanmoins une opportunité pour la communauté scientifique de repenser son approche des technologies de collecte d'échantillons. Amplification par PCR directe de l'ADN à partir de taches de sang, de salive et d'échantillons tactiles humains prélevés avec des écouvillons microFLOQ®. L'écouvillon microFLOQ® Direct a été testé en prélevant des taches de sang, de sperme et de salive diluées déposées sur du coton.

Le typage ADN a été réalisé à l'aide du système PowerPlex® Fusion 6C par PCR directe ou PCR directe modifiée. La PCR directe des écouvillons a échantillonné le centre d'une coloration, comparativement à leurs échantillonnages de bord respectifs, et a montré une plus grande complétude du profil et des éléments de fluorescence relative complète pour toutes les dilutions de colorations de sang et de sperme examinées. La PCR directe modifiée a utilisé l'ADN matrice élué de la tête de l'écouvillon à l'aide du kit Casework Direct, Custom, et les lavages contenaient soit du 1-thioglycérol, soit aucun TG. La PCR directe modifiée a donné des résultats combinés pour les colorations de sang, de salive et de sperme, les colorations de sperme présentant des différences importantes en termes de complétude du profil (5 % et 1 %) et de RFU complète (pure, 5 % et 1 %) avec l'ajout de TG au réactif Casework Direct.

La recherche sur la composition du microbiote intestinal, tant en bonne santé que dans la maladie, a connu un essor considérable depuis l'introduction des approches moléculaires de sa caractérisation. Les nombreuses recherches menées dans ce domaine démontrent de plus en plus que la composition du microbiote intestinal pourrait être liée à des pathologies, notamment les maladies inflammatoires chroniques de l'intestin, l'obésité et la malnutrition.

Les échantillons enregistrés peuvent être utilisés dans des expériences scientifiques ultérieures, telles que l'extraction d'ADN/ARN, les tests PCR ou le séquençage. Ce logiciel est idéal pour collecter des échantillons en vue de l'identification du coronavirus et des études en aval. SV et IAC ont conçu le projet ; tous les auteurs ont conçu les expériences et l'échantillonnage ; SV et YHK ont réalisé les expériences ; JD a collecté les échantillons médicaux ; SV, YHK et IAC ont analysé les données ; SV et IAC ont rédigé le manuscrit. Ce protocole étant destiné à fournir des échantillons pour le séquençage à haut débit, la masse totale récupérée est une mesure cruciale.