Обновление «Инфекционный контроль в клинической практике»

В зависимости от инструкций производителя, подготовка библиотеки для дробового секвенирования начинается с 0,01–10 нг на образец. Общая масса выделенной ДНК во фракциях вирусоподобных частиц (фаг + бактериальная, определенная методом кПЦР) варьировалась от 0,63 ± 0,04 нг (из образца, изначально содержащего 1,9 × 108 вирионов) до 1,2 ± 0,09 пг (из образца, изначально содержащего 1,9 × 105 вирионов) (рис. 2а).

Никаких существенных различий при разведении пятен крови или слюны, обработанных с помощью модифицированной прямой ПЦР, не наблюдалось, однако полнота профиля и общий показатель RFU в целом улучшились по сравнению с пятнами, полученными с помощью ватных тампонов или 4N6FLOQSwabs™. Данное исследование подтверждает гипотезу о том, что мазок microFLOQ® Direct Swab готов к сбору мельчайших количеств ДНК с хлопчатобумажной ткани и может рассматриваться в качестве альтернативного метода предварительного скрининга в судебно-биологической экспертизе. Набор для сбора вирусов предназначен для сбора, транспортировки и кратковременного хранения общей ДНК/РНК из медицинских образцов, таких как слюна, кровь, сыворотка, стул, биологические жидкости и т.д. Консервант лизирует микроорганизмы и инактивирует клетки, микроорганизмы и вирусы.

Необходимым условием использования оценки микробиоты в качестве научного программного обеспечения является эффективный и последовательный отбор и сохранение образцов. Важным вопросом в этом отношении является влияние обработки образцов и их подготовки путем очищения кишечника на состав микробиоты в стуле и кишечнике. Анатомически спроектированные FLOQSwabs® были разработаны в результате тесного сотрудничества с врачами и учеными-микробиологами, а также неустанного стремления к оптимизации эффективности сбора и транспортировки преаналитических образцов. Результатами являются оптимизированная эффективность и воспроизводимость целевого набора аналитов, улучшенная динамика движения и чувствительность анализа, а также расширенные возможности тестирования.

Поскольку число случаев COVID-19 продолжает расти во всем мире, доступность и надежность тестирования важны для выявления и замедления распространения заболевания. Однако мы сталкиваемся с особыми проблемами в нашей цепочке поставок, которые ограничивают наши возможности тестирования, особенно в сборе образцов. Тем не менее, эта проблема предоставляет научному сообществу возможность переосмыслить наш подход к технологиям сбора образцов. Прямая ПЦР-амплификация ДНК из пятен крови, слюны и образцов, полученных с помощью тампонов microFLOQ®. Тампон microFLOQ® Direct Swab был исследован путем отбора проб разбавленной крови, спермы и слюны, нанесенных на хлопчатобумажную ткань.

Типирование ДНК проводилось с использованием системы PowerPlex® Fusion 6C методом прямой или модифицированной прямой ПЦР. Прямая ПЦР мазков отбиралась из центра пятна по сравнению с соответствующими краевыми образцами и характеризовалась более высокой полнотой профиля и относительной флуоресценцией всех исследованных разведений пятен крови и спермы. В модифицированной прямой ПЦР использовалась матричная ДНК, элюированная с головки тампона с помощью набора Casework Direct Kit Custom, а промывочные воды либо содержали 1-тиоглицерин, либо не содержали ТГ. Модифицированная прямая ПЦР дала комбинированные результаты для пятен крови, слюны и спермы, при этом пятна спермы демонстрировали важные различия в полноте профиля (5% и 1%) и полном показателе ОЕФ (чистый, 5% и 1%) при добавлении ТГ к реагенту Casework Direct.

Исследования состава кишечной микробиоты в норме и при патологии получили широкое распространение с появлением молекулярных методов её характеристики. Многочисленные исследования в этой области позволяют накапливать данные о том, что состав кишечной микробиоты может быть связан с различными патологическими состояниями, в частности, с воспалительными заболеваниями кишечника, ожирением и недоеданием.

Сохранённые образцы можно использовать в последующих научных экспериментах, таких как выделение ДНК/РНК, ПЦР-тестирование или секвенирование. Пакет подходит для сбора образцов для идентификации коронавируса и последующих исследований. SV и IAC задумали проект, все авторы разработали эксперименты и отбор проб, SV и YHK провели эксперименты, JD собрали медицинские образцы, SV, YHK и IAC проанализировали полученные данные, SV и IAC написали рукопись. Поскольку этот протокол предназначен для получения образцов для высокопроизводительного секвенирования, полная масса полученных образцов является важнейшей метрикой.