Écouvillon Micro Alpha, pointe en polyester tricoté

Dans cette série, nous avons montré que les profils d'écouvillonnage ressemblent beaucoup aux profils fécaux obtenus chez des sujets non préparés – en particulier pour l'embranchement des Bacteroidetes –, mais qu'ils sont nettement différents chez les patients préparés. Chez ces derniers, les profils microbiens des échantillons d'écouvillonnage étaient également différents de ceux des biopsies muqueuses.

En routine médicale, où rapidité et facilité sont essentielles, l'absence de battement des billes est un avantage. Les indices de diversité de Shannon étaient très similaires entre les écouvillons dupliqués et les écouvillons congelés instantanés pour tous les phylums. La différence la plus marquée dans les indices de diversité pour les différents types de prélèvements a été observée dans le groupe AFFV. Dans ce cas, la diversité était nettement inférieure dans les biopsies muqueuses et les échantillons fécaux que dans les écouvillons rectaux. Pour le phylum Bacteroidetes, la diversité était similaire pour les différents types d'échantillons.

La plus grande diversité du groupe AFFV dans les profils d'écouvillonnage rectal pourrait s'expliquer par la présence d'un ensemble unique d'espèces caractéristiques de la zone de transition entre un environnement anaérobie strict et un environnement plus aérobie. De plus, l'épithélium pavimenteux stratifié de la partie inférieure du canal anal pourrait favoriser des espèces microbiennes différentes de l'épithélium cylindrique des parties plus proximales du côlon. Dans ce contexte, il est intéressant de noter que la rectocolite hémorragique débute toujours précisément dans cette zone de transition, d'où la maladie progresse vers l'intérieur. Le broyage des billes ayant été décrit comme un atout pour l'extraction d'ADN, notamment pour les bactéries du phylum Firmicutes, nous l'avons évalué sur des échantillons d'écouvillonnage. En revanche, le broyage des billes a diminué le rendement en ADN de Bacteroidetes. Il s'agit d'un résultat inattendu, mais reproductible, dans le contexte de ce qui a été décrit pour l'isolement d'ADN bactérien à partir des selles.

La composition du microbiote des écouvillons rectaux ne différant pas sensiblement de celle des échantillons fécaux, notamment chez les Bacteroidetes, elle ne peut donc pas avoir été un facteur déterminant. Nous émettons l'hypothèse que cet effet pourrait résulter d'importantes différences de charges bactériennes entre les échantillons fécaux et les échantillons prélevés sur écouvillon. Avec des charges plus faibles, le battage des billes pourrait endommager l'ADN, au lieu de contribuer à son rendement.

Des prélèvements rectaux ont été effectués juste avant les biopsies de la muqueuse colique, après la préparation du sujet. La différence de composition entre ces échantillons semble donc refléter une réelle différence de composition entre le proctum, prélevé par prélèvements rectaux, et la partie plus proximale du côlon sigmoïde, prélevée par biopsies de la muqueuse sigmoïdienne.

Par conséquent, seul le prétraitement par agitation des billes a été examiné comme variable, car il a été décrit comme une valeur ajoutée pour les échantillons fécaux. Il a été démontré que la composition du microbiote des échantillons d'écouvillons rectaux est similaire à celle des échantillons fécaux et moins similaire à celle des biopsies muqueuses chez un groupe de patients atteints de carcinome colorectal. Cette similitude était supposée être due à l'adhérence des selles aux échantillons d'écouvillon, car les écouvillons ont été prélevés sur des patients non préparés pour une coloscopie.

De plus, nous avons comparé la diversité microbienne des prélèvements rectaux et des échantillons fécaux chez les personnes préparées et non préparées. Les échantillons fécaux ayant été prélevés avant la préparation intestinale, nous ne nous attendions pas à constater de différences de répartition entre les deux groupes. Concernant les prélèvements rectaux, la diversité semblait considérablement plus élevée dans le groupe non préparé, et la distribution des indices de diversité semblait plus faible qu'au sein du groupe préparé. De plus, la plus grande répartition des prélèvements rectaux par rapport aux échantillons fécaux était observée tant dans le groupe préparé que dans le groupe non préparé. Une comparaison entre tous les types d'échantillons a été réalisée à l'aide d'une matrice de dissimilarité cosinus et visualisée par analyse des coordonnées principales.