Микро-тампон Alpha, наконечник из трикотажного полиэстера

В ходе этих исследований мы показали, что профили микробиоты мазков действительно во многом схожи с профилями кала, полученными у неподготовленных пациентов, особенно в отношении типа Bacteroidetes, но при этом значительно отличаются у подготовленных пациентов. У этих подготовленных пациентов профили микробиоты в мазках также отличались от профилей в биоптатах слизистой оболочки.

Для медицинской практики, где скорость и простота играют ключевую роль, исключение бисерного взбивания является предпочтительным. Индексы разнообразия Шеннона были сильно связаны между дублированными мазками и быстрозамороженными мазками для всех типов. Наиболее выраженная разница в индексах разнообразия для различных вариантов паттерна наблюдалась в группе AFFV. Здесь разнообразие было заметно меньше в биоптатах слизистой оболочки и образцах кала, чем в ректальных мазках. Для типа Bacteroidetes разнообразие было схожим для различных типов образцов.

Более высокое разнообразие группы AFFV в профилях ректальных мазков может быть обусловлено наличием уникального набора видов, характерных для переходной зоны от строго анаэробных к экстрааэробным условиям. Кроме того, свойство многослойного плоского эпителия нижней части анального канала может способствовать выделению совершенно иных видов микроорганизмов, чем столбчатый эпителий экстрапроксимальных отделов толстой кишки. В этом контексте интересно отметить, что язвенный колит всегда начинается именно в этой переходной зоне, откуда заболевание распространяется внутрь. Поскольку было описано, что бисерное измельчение имеет дополнительную ценность при выделении ДНК, особенно для бактерий в пределах типа Firmicutes, мы оценили это для образцов мазков. Напротив, бисерное измельчение снижало выход ДНК Bacteroidetes. Это был неожиданный, но воспроизводимый результат в контексте того, что было описано для выделения бактериальной ДНК из кала.

Поскольку состав микробиоты в ректальных мазках существенно не отличается от состава в образцах кала, особенно в отношении Bacteroidetes, состав не мог быть фактором, влияющим на результат. Мы предполагаем, что этот эффект может быть обусловлен значительными различиями в бактериальной нагрузке в образцах кала и мазках. При более низкой нагрузке биение гранул может повреждать ДНК, а не способствовать её выделению.

Ректальные мазки были взяты непосредственно перед биопсией слизистой оболочки толстой кишки, оба раза после подготовки пациента. Таким образом, разница в составе этих образцов, по-видимому, отражает истинное различие в составе между прямой кишкой, откуда были взяты ректальные мазки, и более проксимальным участком сигмовидной кишки, откуда были взяты биопсии слизистой оболочки сигмовидной кишки.

Поэтому в качестве переменной рассматривалась только предварительная обработка с помощью бисерного бисерного зонда, поскольку, как было описано, она имеет дополнительную ценность для образцов кала. Было показано, что состав микробиоты ректальных мазков аналогичен составу микробиоты образцов кала и менее схож с составом микробиоты биоптатов слизистой оболочки у группы пациентов с колоректальной карциномой. Предполагалось, что это сходство обусловлено адгезией кала к образцам мазков, поскольку мазки были получены от пациентов, не подготовленных к колоноскопии.

Кроме того, мы сравнили микробное разнообразие у подготовленных и неподготовленных людей в ректальных мазках и образцах кала. Поскольку образцы кала брались до подготовки кишечника, мы не ожидали обнаружить различий в диапазоне при этой сортировке шаблонов между двумя группами. Для образцов ректальных мазков разнообразие, по-видимому, было значительно выше в группе неподготовленных, а распределение индексов разнообразия оказалось меньше, чем в группе подготовленных. Более того, более широкий диапазон в ректальных мазках по сравнению с образцами кала сохранялся как для подготовленной, так и для неподготовленной группы. Сопоставимость между всеми типами образцов была достигнута с помощью матрицы косинусного различия и визуализирована с помощью оценки главных координат.