Cotonete Micro Alpha, ponta de poliéster tricotado

Nessas coletas, demonstramos que os perfis de swabs são de fato muito semelhantes aos perfis de fezes obtidos de indivíduos não preparados – especificamente para o filo Bacteroidetes –, mas significativamente distintos em pacientes preparados. Nesses indivíduos preparados, os perfis da microbiota em amostras de swabs também foram distintos dos perfis em biópsias de mucosa.

Para a rotina médica, na qual velocidade e facilidade são essenciais, a omissão do batimento das esferas é favorável. Os índices de diversidade de Shannon foram extremamente correlacionados entre swabs duplicados e swabs congelados rapidamente para todos os filos. A diferença mais pronunciada nos índices de variação para as diversas variedades de padrões ocorreu no grupo AFFV. Aqui, a variação foi marcadamente menor em biópsias de mucosa e amostras fecais do que em swabs retais. Para o filo Bacteroidetes, a variação foi semelhante para as diferentes variedades de amostras.

A maior variedade do grupo AFFV em perfis de swab retal pode ser atribuída à presença de um conjunto único de atributos de espécies para a zona de transição de um ambiente estritamente anaeróbico para um ambiente extra aeróbico. Além disso, o atributo de epitélio escamoso estratificado para a parte inferior do canal anal pode auxiliar espécies microbianas completamente diferentes do epitélio colunar das partes mais proximais do cólon. Nesse contexto, é interessante notar que a retocolite ulcerativa sempre começa exatamente nessa zona de transição, de onde a doença progride para o interior. Como o batimento de esferas foi descrito como de valor agregado na extração de DNA, particularmente para bactérias do filo Firmicutes, nós o avaliamos para amostras de swab. Em contraste, o batimento de esferas diminuiu o rendimento de DNA de Bacteroidetes. Este foi um resultado repentino, porém reprodutível, no contexto do que foi descrito para o isolamento de DNA bacteriano de fezes.

Como a composição da microbiota em swabs retais não difere significativamente daquela em amostras fecais – particularmente em Bacteroidetes –, a composição não pode ter sido um fator. Nossa hipótese é que o efeito pode ser resultado de grandes diferenças nas cargas bacterianas em amostras fecais e de swab. Com cargas mais baixas, o batimento das esferas pode danificar o DNA, em vez de contribuir para a produção de DNA.

Swabs retais foram coletados imediatamente antes das biópsias da mucosa colônica, ambos após o preparo do indivíduo. A diferença na composição entre essas amostras pareceu, portanto, representar uma diferença real na composição entre o procto, coletado por swabs retais, e a região mais proximal do cólon sigmoide, coletada por biópsias da mucosa sigmoide.

Portanto, o pré-processamento com microesferas foi examinado como variável, visto que este procedimento foi descrito como de valor agregado em amostras fecais. Foi demonstrado que a composição da microbiota de amostras de swab retal é semelhante à de amostras fecais e menos semelhante à composição da microbiota de biópsias de mucosa em um grupo de pacientes com carcinoma colorretal. Acredita-se que essa semelhança seja resultado da aderência das fezes às amostras de swab, uma vez que os swabs foram coletados de pacientes que não foram preparados para colonoscopia.

Além disso, comparamos a variedade microbiana em pessoas preparadas versus não preparadas para swabs retais e amostras fecais. Como as amostras fecais foram coletadas antes do preparo intestinal, não previmos encontrar diferenças na variedade neste tipo de padrão entre os dois grupos. Para as amostras de swabs retais, a diversidade pareceu ser consideravelmente maior dentro do grupo não preparado, e a distribuição dos índices de variedade pareceu menor do que dentro do grupo preparado. Além disso, a maior variedade em swabs retais em comparação com amostras fecais foi verdadeira tanto para o grupo preparado quanto para o não preparado. Uma comparabilidade entre todos os tipos de amostra foi feita com uma matriz de dissimilaridade de cosseno e visualizada pela avaliação de coordenadas principais.