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En esta colección, demostramos que los perfiles de hisopado son, de hecho, muy similares a los perfiles fecales obtenidos de sujetos no preparados —específicamente para el filo Bacteroidetes—, pero claramente distintos en los pacientes preparados. En estos sujetos preparados, los perfiles de microbiota en las muestras de hisopado también fueron distintos de los perfiles en las biopsias de mucosa.
Para la rutina médica, donde la velocidad y la facilidad son esenciales, la omisión del batido de microesferas resulta favorable. Los índices de diversidad de Shannon han sido extremadamente similares entre los hisopos duplicados y los hisopos congelados rápidamente para todos los filos. La diferencia más pronunciada en los índices de diversidad para las diversas variedades de patrones se observó en el grupo AFFV. En este caso, la diversidad fue notablemente menor en las biopsias de mucosa y las muestras fecales que en los hisopos rectales. En el filo Bacteroidetes, la diversidad fue similar para las diferentes variedades de muestra.
La mayor variedad del grupo AFFV en los perfiles de hisopos rectales puede atribuirse a la presencia de un conjunto único de especies, propias de la zona de transición de un entorno anaeróbico estricto a uno más aeróbico. Además, el epitelio escamoso estratificado, propio de la parte inferior del canal anal, puede favorecer la proliferación de especies microbianas completamente diferentes a las del epitelio columnar de las partes más proximales del colon. En este contexto, es interesante observar que la colitis ulcerosa siempre comienza exactamente en esta zona de transición, desde donde la enfermedad avanza hacia el interior. Dado que se ha descrito que el batido de esferas tiene un valor añadido en la extracción de ADN, especialmente para las bacterias del filo Firmicutes, evaluamos esto en muestras de hisopos. Por el contrario, el batido de esferas disminuyó la producción de ADN de Bacteroidetes. Este fue un resultado inesperado, pero reproducible, en el contexto de lo descrito para el aislamiento de ADN bacteriano de las heces.
Dado que la composición de la microbiota en los hisopos rectales no difiere significativamente de la de las muestras fecales, en particular de Bacteroidetes, la composición no pudo haber sido un factor determinante. Nuestra hipótesis es que el efecto podría deberse a las grandes diferencias en las cargas bacterianas entre las muestras fecales y de hisopo. Con cargas más bajas, el batido de microesferas podría dañar el ADN, en lugar de contribuir a su producción.
Se tomaron muestras rectales justo antes de las biopsias de la mucosa colónica, ambas después de la preparación del sujeto. Por lo tanto, la diferencia de composición entre estas muestras pareció representar una verdadera diferencia de composición entre el recto, muestreado mediante frotis rectales, y la zona más proximal del colon sigmoide, muestreada mediante biopsias de la mucosa sigmoidea.
Por lo tanto, solo se examinó como variable el preprocesamiento con microesferas, ya que se ha descrito su valor añadido en muestras fecales. Se ha demostrado que la composición de la microbiota de las muestras de hisopos rectales es similar a la de las muestras fecales y menos similar a la de las biopsias de mucosa en un grupo de pacientes con carcinoma colorrectal. Se cree que esta similitud se debe a la adherencia de las heces a las muestras de hisopos, ya que se obtuvieron de pacientes que no estaban preparados para la colonoscopia.
Además, comparamos la diversidad microbiana en personas preparadas y no preparadas para hisopos rectales y muestras fecales. Dado que las muestras fecales se tomaron antes de la preparación intestinal, no previmos encontrar diferencias en el rango en esta clasificación de patrones entre los dos equipos. En el caso de las muestras de hisopos rectales, la diversidad pareció ser considerablemente mayor en el grupo no preparado, y la distribución de los índices de diversidad fue menor que en el grupo preparado. Además, el mayor rango en los hisopos rectales en comparación con las muestras fecales se mantuvo tanto en el grupo preparado como en el no preparado. Se realizó una comparativa entre todos los tipos de muestra mediante una matriz de disimilitud de cosenos y se visualizó mediante la evaluación de coordenadas principales.
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