Tampone Micro Alpha, punta in poliestere lavorato a maglia

In questa raccolta, abbiamo dimostrato che i profili dei tamponi sono effettivamente molto simili ai profili fecali ottenuti da soggetti non preparati, in particolare per il phylum Bacteroidetes, ma decisamente diversi nei soggetti preparati. In questi soggetti preparati, i profili del microbiota nei campioni di tampone erano anche diversi dai profili nelle biopsie della mucosa.

Per la routine medica, in cui velocità e facilità sono essenziali, l'omissione della battitura delle microsfere è favorevole. Gli indici di diversità di Shannon sono risultati estremamente correlati tra tamponi duplicati e tamponi congelati rapidamente per tutti i phylum. La differenza più pronunciata negli indici di range per le diverse varietà di pattern si è verificata nel gruppo AFFV. In questo caso, il range è risultato notevolmente inferiore nelle biopsie mucose e nei campioni fecali rispetto ai tamponi rettali. Per il phylum Bacteroidetes, il range è risultato correlato per le diverse varietà di campione.

La maggiore varietà del gruppo AFFV nei profili dei tamponi rettali può essere attribuibile alla presenza di una serie unica di specie caratteristiche per la zona di transizione da un ambiente strettamente anaerobico a uno più aerobico. Inoltre, la caratteristica dell'epitelio squamoso stratificato per la parte inferiore del canale anale può supportare specie microbiche completamente diverse rispetto all'epitelio colonnare delle parti più prossimali del colon. In questo contesto, è interessante notare che la colite ulcerosa inizia sempre esattamente in questa zona di transizione da cui la malattia progredisce verso l'interno. Poiché la battitura a sfere è stata descritta come un valore aggiunto nell'estrazione del DNA, in particolare per i batteri del phylum Firmicutes, abbiamo valutato questo aspetto per i campioni di tampone. Al contrario, la battitura a sfere ha ridotto la resa del DNA di Bacteroidetes. Questo è stato un risultato improvviso, ma riproducibile nel contesto di quanto descritto per l'isolamento del DNA batterico dalle feci.

Poiché la composizione del microbiota nei tamponi rettali non differisce significativamente da quella nei campioni fecali, in particolare nei Bacteroidetes, la composizione non può essere un fattore determinante. Ipotizziamo che l'effetto possa essere dovuto a notevoli differenze nella carica batterica nei campioni fecali e nei tamponi. Con cariche inferiori, la battitura delle sfere potrebbe danneggiare il DNA, anziché contribuire alla produzione di DNA.

I tamponi rettali erano stati prelevati subito prima delle biopsie della mucosa del colon, entrambi dopo la preparazione del soggetto. La differenza di composizione tra questi campioni sembrava quindi rappresentare una reale differenza di composizione tra il procto, campionato mediante tamponi rettali, e la parte più prossimale del colon sigmoideo, campionata mediante biopsie della mucosa sigmoidea.

Pertanto, è stata esaminata come variabile solo la pre-elaborazione con microsfere, poiché è stata descritta come un valore aggiunto nei campioni fecali. È stato dimostrato che la composizione del microbiota dei campioni di tampone rettale è simile a quella dei campioni fecali e meno simile alla composizione del microbiota delle biopsie mucose in un gruppo di pazienti con carcinoma colorettale. Si ritiene che questa somiglianza sia dovuta all'aderenza delle feci ai campioni di tampone, poiché i tamponi venivano raccolti da pazienti non preparati per la colonscopia.

Inoltre, abbiamo confrontato la diversità microbica nei soggetti preparati e non preparati per tamponi rettali e campioni fecali. Poiché i campioni fecali sono stati prelevati prima della preparazione intestinale, non ci aspettavamo di trovare differenze di intervallo in questo tipo di pattern tra i due gruppi. Per i campioni di tampone rettale, la diversità sembrava essere significativamente maggiore nel gruppo non preparato e la distribuzione degli indici di diversità appariva inferiore rispetto al gruppo preparato. Inoltre, l'intervallo più elevato nei tamponi rettali rispetto ai campioni fecali era valido sia per il gruppo preparato che per quello non preparato. È stata effettuata una comparabilità tra tutti i tipi di campione con una matrice di dissimilarità del coseno e visualizzata mediante analisi delle coordinate principali.