Tampons en microfibres

Nous démontrons également notre test en détectant le virus SARS-CoV-2 à partir de 20 échantillons cliniques. Enfin, nous présentons un système POC portable et en temps réel permettant de détecter le SARS-CoV-2 à partir d'échantillons VTM à l'aide d'une cartouche tridimensionnelle fabriquée de manière additive et d'un lecteur pour smartphone. Ce système POC a été testé sur 10 échantillons médicaux et a permis de détecter le SARS-CoV-2 en distinguant les échantillons positifs des échantillons négatifs après 30 minutes. Ces travaux démontrent une voie alternative pour le diagnostic du SARS-CoV-2, ne nécessitant pas d'infrastructure de laboratoire standard, dans les contextes où le diagnostic est requis dès le prélèvement d'échantillons. Cette étude a démontré que les écouvillons rectaux constituent une excellente méthode pour fournir des profils de microbiote hautement reproductibles.

Actuellement, les échantillons fécaux sont généralement prélevés par les patients eux-mêmes à leur domicile. Cela entraîne un risque de contamination lors du prélèvement, un délai de congélation, une congélation à plus de −20 °C et une décongélation pendant le transport vers le laboratoire. Il est prouvé que ces facteurs pourraient introduire des variations suffisamment importantes pour contrecarrer les diagnostics microbiens. Une alternative consiste à prélever directement la muqueuse intestinale par biopsie lors d'une endoscopie. Bien que ces échantillons puissent être collectés selon une méthode hautement standardisée, le caractère invasif de la procédure de prélèvement empêche une mise en œuvre à grande échelle comme outil de dépistage ou de suivi.

Par conséquent, nous proposons que le prélèvement du microbiote intestinal à partir de selles ou par écouvillonnage rectal, sans préparation intestinale préalable, soit probablement la méthode la plus répandue pour l'analyse d'un microbiote réel et non perturbé. Les écouvillons rectaux constituent une technique efficace pour prélever le microbiote intestinal en milieu médical, sans les inconvénients du prélèvement de selles ou de muqueuses. Les sujets n'ont pas besoin de prélever des échantillons fécaux à domicile, ni de préparation ni de procédures invasives. Leur applicabilité est soulignée par leur utilisation courante en médecine et leur possibilité de prélèvement à chaque consultation.

Actuellement, le type d'échantillon le plus couramment utilisé pour l'analyse du microbiote intestinal est celui des selles. Le diagnostic microbien classique sur les selles se concentre sur la gastro-entérite infectieuse. Cependant, pour une analyse plus complète du microbiote intestinal, l'échantillonnage, le stockage et le traitement des échantillons ont un impact majeur sur l'analyse de la composition obtenue. Le modèle optimal doit être facile à obtenir de manière standardisée, sans perturbation préalable du microbiote.

Les profils sont très similaires à ceux des échantillons fécaux de patients non préparés, notamment pour le phylum des Bacteroidetes. Nous suggérons que les écouvillons rectaux pourraient être parfaitement adaptés aux études à grande échelle et aux besoins médicaux courants de profilage du microbiote. Alors que la corrélation entre les profils d'écouvillon et les profils fécaux était relativement élevée chez les patients n'ayant pas subi de préparation intestinale importante pour la coloscopie, la similarité entre les différents types d'échantillons était nettement moindre dans le groupe coloscopie. Cela était probablement dû au lavage intestinal préparatoire, qui a clairement affecté le contenu intestinal.

De plus, avant la coloscopie, les patients doivent être préparés à l'aide de laxatifs stricts, dont il a été prouvé qu'ils perturbent le microbiote intestinal. Des prélèvements rectaux peuvent être facilement obtenus et conservés immédiatement selon une procédure standardisée, sans perturbation préalable du microbiote. Les prélèvements rectaux sont déjà couramment utilisés pour le dépistage des microbes résistants et se sont révélés très efficaces à cette fin. La composition du microbiote intestinal est associée à de nombreuses pathologies, notamment les maladies inflammatoires chroniques de l'intestin, l'obésité et la malnutrition.

Nous avons caractérisé le test en trempant des écouvillons dans du liquide nasal artificiel enrichi en virus, en les transférant dans un milieu de transport viral et en prélevant une quantité de VTM pour réaliser le test RT-LAMP sans kit d'extraction d'ARN. Ce test a une limite de détection de 50 copies d'ARN par μL dans la solution VTM en 30 minutes.

La pandémie de COVID-19 illustre l'inadéquation entre la disponibilité des diagnostics de pointe et les besoins actuels. À mesure que les protocoles de test et les séquences d'amorces se généralisent, de nombreux laboratoires réalisent des tests diagnostiques utilisant des méthodes telles que la RT-PCR ou l'amplification isotherme médiée par la boucle de transcription inverse (RT-LAMP). Nous présentons ici un test isotherme RT-LAMP pour la détection du coronavirus du syndrome respiratoire aigu sévère 2 (SARS-CoV-2) et démontrons ce test sur des échantillons médicaux à l'aide d'un instrument simple et accessible au chevet du patient.