Hisopos de microfibra

Además, demostramos nuestro ensayo detectando el virus SARS-CoV-2 en 20 muestras clínicas. Finalmente, presentamos un sistema POC portátil y en tiempo real para detectar el SARS-CoV-2 en muestras de VTM mediante un cartucho tridimensional de fabricación aditiva y un lector para smartphone. El sistema POC se probó con 10 muestras clínicas y logró detectar el SARS-CoV-2 en ellas, distinguiendo las muestras positivas de las negativas después de 30 minutos. Este trabajo demuestra una vía alternativa para el diagnóstico del SARS-CoV-2 que no requiere infraestructura de laboratorio estándar, en entornos donde se requiere el diagnóstico en la toma de muestras. En esta investigación, demostramos que los hisopos rectales representan un excelente método para obtener perfiles de microbiota altamente reproducibles.

Actualmente, las muestras fecales suelen ser recolectadas por los propios pacientes en su domicilio. Esto introduce una posible contaminación durante la recolección, el retraso en la congelación, la congelación por encima de -20 °C y la descongelación durante el transporte al laboratorio. Hay evidencia contundente de que estos componentes podrían introducir una variación lo suficientemente grande como para dificultar el diagnóstico microbiano. Una alternativa es el muestreo directo de la mucosa intestinal mediante biopsias durante la endoscopia. Si bien estas muestras pueden recolectarse de forma altamente estandarizada, la naturaleza invasiva del procedimiento de muestreo impide su implementación a gran escala como herramienta de cribado o seguimiento.

Por lo tanto, proponemos que el muestreo de la microbiota intestinal con heces o mediante hisopado rectal, sin preparación intestinal previa, sea probablemente la metodología más popular para analizar la microbiota real e intacta. El hisopado rectal es una excelente técnica para muestrear la microbiota intestinal en un entorno médico, sin las desventajas de la recolección de heces o el muestreo de mucosa. Los sujetos no necesitan recolectar muestras fecales en casa, ni preparación previa ni procedimientos invasivos. La aplicabilidad del hisopado rectal se ve reforzada por su uso común en la práctica médica y su posibilidad de toma en cada consulta.

Actualmente, probablemente el tipo de muestra más utilizado para la evaluación de la microbiota intestinal sean las heces. El diagnóstico microbiano clásico en heces se centra en la gastroenteritis infecciosa. Sin embargo, para una evaluación más completa de la microbiota intestinal, el muestreo, el almacenamiento y el procesamiento de las muestras tienen un impacto significativo en la evaluación de la composición resultante. La muestra ideal debe ser fácil de obtener de forma estandarizada, sin perturbaciones previas de la microbiota.

Los perfiles son muy similares a los de las muestras fecales de pacientes no preparados, en particular para el filo Bacteroidetes. Sugerimos que los hisopos rectales podrían ser ideales para la investigación a gran escala y para fines médicos rutinarios de caracterización de la microbiota. Si bien la correlación entre los perfiles de los hisopos y los fecales fue bastante alta en pacientes que no se sometieron a una preparación intestinal exhaustiva para la colonoscopia, la similitud entre los diferentes tipos de muestras fue notablemente menor en el grupo de colonoscopia. Probablemente, esto se debió al lavado intestinal preparatorio, que afectó claramente al contenido intestinal.

Además, antes de la colonoscopia, los pacientes deben ser preparados con esquemas laxantes estrictos, que han demostrado alterar la microbiota intestinal. Los hisopos rectales pueden obtenerse fácilmente y almacenarse inmediatamente en una muestra estandarizada sin alterar previamente la microbiota. Los hisopos rectales ya se utilizan habitualmente para la detección de microbios resistentes y han demostrado ser muy eficaces para tal fin. La composición de la microbiota intestinal se asocia con numerosas enfermedades, en particular la enfermedad inflamatoria intestinal, la obesidad y la desnutrición.

Caracterizamos el ensayo sumergiendo hisopos en fluido nasal artificial enriquecido con el virus, transfiriéndolos a un medio de transporte viral y tomando muestras de una cantidad de VTM para realizar el ensayo RT-LAMP sin un kit de extracción de ARN. El ensayo tiene un límite de detección de 50 copias de ARN por μL en la solución de VTM en 30 min.

La pandemia de COVID-19 presenta un caso urgente de desajuste entre la disponibilidad de diagnósticos de vanguardia y las necesidades actuales. A medida que los protocolos de ensayo y las secuencias de cebadores se vuelven ampliamente conocidos, muchos laboratorios realizan pruebas diagnósticas mediante métodos como la RT-PCR o la amplificación isotérmica mediada por bucle de transcripción inversa (RT-LAMP). En este trabajo, presentamos un ensayo isotérmico RT-LAMP para la detección del virus del síndrome respiratorio agudo severo (SARS-CoV-2) y demostramos su eficacia en muestras médicas mediante un instrumento sencillo y accesible para el punto de atención.