Écouvillon en micro-mousse avec tête de haute précision

Bien que la plupart des tests, crachats ou autres, soient analysés à l'aide de méthodes basées sur la PCR, il existe d'autres options prometteuses, comme l'amplification isotherme à médiation par boucle, qui a également reçu une autorisation d'utilisation d'urgence pour les tests utilisant des écouvillons nasopharyngés. Les États-Unis ont peiné à mettre en œuvre des tests cohérents et généralisés tout au long de la pandémie, ce qui a compliqué le suivi de la propagation du virus par les responsables de la santé publique. De plus, le matériel et les réactifs nécessaires aux tests PCR sont souvent insuffisants, des écouvillons nécessaires au prélèvement de l'échantillon aux réactifs permettant d'extraire l'ARN viral. Des échantillons témoins correctement prélevés permettront d'exclure toute contamination externe de l'échantillon de surface.

Français Pour toutes les valeurs mesurées dans les sections ci-dessus et suivantes, nous discutons avec le Tableau 1. Les échantillons de biopsie muqueuse ont été prélevés à l'aide d'un vidéoendoscope polyvalent et d'une pince à biopsie polyvalente (Wilson-Cook ; European Endoscopy Group, Fujinon Medical Holland, Veenendaal, Pays-Bas). Les échantillons de biopsie muqueuse ont été prélevés dans le côlon sigmoïde à 20-30 cm de la marge anale. Par sujet, un échantillon de muqueuse a été lavé deux fois dans 500 µl de PBS avant d'être congelé instantanément dans de l'azote liquide et un deuxième échantillon a été déposé dans un récipient rempli de 500 µl de PBS et congelé instantanément dans de l'azote liquide. Dans le groupe coloscopie, des écouvillons rectaux avaient été prélevés au moment de la coloscopie, juste avant le processus endoscopique.

Enfin, comme nous avons constaté que les profils de microbiote des prélèvements rectaux étaient différents de ceux des microbiotes muqueux et fécaux dans le groupe coloscopie, nous nous sommes intéressés à la similarité entre les microbiotes fécal et muqueux. Nous avons constaté que les corrélations entre les échantillons fécaux et les biopsies muqueuses étaient aussi faibles que celles des prélèvements avec ces deux types de profils.

Le volume minimal d'eau à prélever devrait être suffisant pour réaliser tous les tests indiqués ; 100 ml est considéré comme un volume minimal approprié. Des publications Facebook, partagées à des centaines de reprises, prétendent que la pandémie de coronavirus sert de prétexte à un projet financé par la Fondation Gates visant à implanter des micropuces lors des prélèvements nasaux ou pharyngés des patients lors des tests de dépistage de la COVID-19. Cette affirmation est fausse ; la pandémie est bien réelle, a démenti la Fondation, et les experts affirment qu'il existe une raison médicale à l'utilisation des écouvillons pour les tests de dépistage de la maladie. Les écouvillons rectaux, les échantillons fécaux et les biopsies muqueuses peuvent parfois être très similaires, mais globalement, ces trois types d'échantillons semblent abriter des microbiotes plus ou moins distincts.

Français Cela a confirmé que les écouvillons auto-collectés correspondaient fortement aux écouvillons prélevés cliniquement lorsqu'ils étaient conservés de la même manière. Afin d'évaluer l'impact d'un protocole de conservation des échantillons non rigoureux, nous avons comparé les profils de microbiote d'écouvillons rectaux congelés instantanément à ceux d'écouvillons rectaux conservés à température ambiante dans du RTF pendant 2 heures avant congélation à −20 °C. Les conditions de conservation pouvant affecter différemment les bactéries Gram-optimistes et Gram-négatives, nous avons analysé les données séparément pour AFFV et Bacteroidetes. Des corrélations ont été calculées pour les profils dérivés d'échantillons d'écouvillons congelés instantanément par rapport aux profils moyens d'échantillons d'écouvillons dupliqués conservés dans du RTF à température ambiante avant congélation. Pour AFFV et Bacteroidetes, les comparaisons intra-individuelles ont montré de fortes similarités, mesurées par un R² médian élevé.

Une fois encore, une meilleure corrélation a été constatée pour Bacteroidetes que pour AFFV. Afin de vérifier si l'auto-prélèvement à domicile par les patients donnerait des résultats comparables à ceux des prélèvements effectués en consultation externe, nous avons comparé ces résultats chez dix personnes. Là encore, les profils ont été comparés par paires et les résultats ont été analysés séparément pour AFFV et Bacteroidetes. Cette analyse a également montré de fortes corrélations intra-sujet et de faibles corrélations inter-sujets.

Contrairement aux analyses d'eau potable pour la détection des coliformes, l'échantillonnage d'eau destiné aux enquêtes épidémiologiques sur les épidémies peut être modifié en fonction des conditions de l'établissement. Les stratégies d'analyse des agents pathogènes d'origine hydrique peuvent également ne pas être standardisées. Par conséquent, des échantillons témoins ou de comparaison doivent être inclus dans le plan expérimental. Tout écart par rapport à une technique standard doit être entièrement documenté et pris en compte lors de l'interprétation des résultats et des stratégies de croissance. Si l'eau contient des concentrations élevées de métaux lourds, un agent chélateur doit être ajouté à l'échantillon.

Des écouvillons rectaux ont été insérés dans le canal anal, au-delà de la marge anale (± trois cm). Deux écouvillons rectaux ont été déposés dans un récipient contenant 500 µl de tampon de transport réduit et conservés à température ambiante pendant deux heures avant d'être conservés à −20 °C.