Tampone in micro schiuma con testina ad alta precisione

Sebbene la maggior parte dei test, su saliva o altro, venga analizzata utilizzando metodi basati sulla PCR, esistono altre promettenti opzioni alternative, come l'amplificazione isotermica mediata da loop, che ha anch'essa ricevuto l'autorizzazione all'uso di emergenza per i test con tamponi nasofaringei. Gli Stati Uniti hanno faticato a implementare test coerenti e diffusi durante la pandemia, rendendo difficile per i funzionari della sanità pubblica monitorare la diffusione del virus. Inoltre, le attrezzature e i reagenti necessari per eseguire i test PCR sono spesso scarsi, dai tamponi necessari per raccogliere il campione ai reagenti che estraggono l'RNA virale. Campioni di controllo raccolti correttamente aiuteranno a escludere la contaminazione esterna del campione di superficie.

Per tutti i valori misurati nelle sezioni precedenti e successive, si rimanda alla Tabella 1. I campioni di biopsia mucosa sono stati raccolti con un videoendoscopio versatile e una pinza per biopsia versatile (Wilson-Cook; European Endoscopy Group, Fujinon Medical Holland, Veenendaal, Paesi Bassi). I campioni di biopsia mucosa sono stati raccolti dal colon sigmoideo a 20-30 cm dal margine anale. Per ogni campione, un campione di mucosa è stato lavato due volte in 500 µl di PBS prima del congelamento rapido in azoto liquido e un secondo campione è stato depositato in un contenitore pieno di 500 µl di PBS e congelato rapidamente in azoto liquido. Nel gruppo sottoposto a colonscopia, i tamponi rettali erano stati raccolti al momento della colonscopia, appena prima della procedura endoscopica.

Infine, poiché abbiamo riscontrato che i profili del microbiota del tampone rettale erano diversi dai profili del microbiota della mucosa e delle feci nel gruppo sottoposto a colonscopia, ci siamo interessati alla somiglianza tra microbiota fecale e microbiota della mucosa. Abbiamo scoperto che le correlazioni tra campioni fecali e biopsie della mucosa erano tanto esigue quanto quelle tra campioni di tampone e ciascuno di questi tipi di pattern.

Il volume minimo di acqua da raccogliere dovrebbe essere sufficiente per completare tutti i test indicati; 100 ml sono considerati un volume minimo adeguato. Post di Facebook condivisi centinaia di volte affermano che la pandemia di coronavirus sia una copertura per un progetto finanziato dalla Fondazione Gates per impiantare microchip quando il naso o la gola dei pazienti vengono sottoposti a tampone durante i test per il COVID-19. Questa è una bufala; la pandemia è reale, la fondazione ha smentito l'affermazione e gli esperti affermano che esiste una causa medica per il modo in cui i tamponi vengono utilizzati per i test per la malattia. Tamponi rettali, campioni fecali e biopsie della mucosa possono talvolta essere molto simili, ma nel complesso, questi tre tipi di campioni sembrano ospitare un microbiota più o meno diverso.

Ciò ha confermato che i tamponi auto-raccolti erano altamente corrispondenti ai tamponi raccolti clinicamente se conservati nello stesso modo. Per valutare l'impatto di un protocollo di conservazione non rigoroso, abbiamo confrontato i profili del microbiota di tamponi rettali congelati rapidamente con i profili di tamponi rettali conservati a temperatura ambiente in RTF per 2 ore prima del congelamento a -20 °C. Poiché le condizioni di conservazione potrebbero influenzare in modo diverso i batteri Gram-positivi e Gram-negativi, abbiamo analizzato i dati separatamente per AFFV e Bacteroidetes. Sono state calcolate correlazioni per i profili derivati ​​da campioni di tamponi congelati rapidamente rispetto ai profili medi di campioni di tamponi duplicati conservati in RTF a temperatura ambiente prima del congelamento. Sia per AFFV che per Bacteroidetes, i confronti intra-specifici hanno mostrato elevate somiglianze, misurate da un elevato R2 mediano.

Anche in questo caso, è stata riscontrata una correlazione migliore per Bacteroidetes rispetto a AFFV. Per verificare se l'autocampionamento domiciliare da parte dei pazienti avrebbe prodotto risultati comparabili ai tamponi effettuati in ambulatorio, li abbiamo confrontati in dieci individui. Anche in questo caso, i profili sono stati confrontati in coppie e i risultati sono stati analizzati separatamente per AFFV e Bacteroidetes. Anche questa analisi ha mostrato elevate correlazioni intra-topiche e basse correlazioni inter-soggetto.

A differenza dei test sull'acqua potabile per i coliformi, il campionamento dell'acqua a supporto delle indagini epidemiologiche sulle epidemie può essere soggetto a modifiche dettate dalle circostanze presenti nella struttura. Anche le strategie di analisi per i patogeni trasmessi dall'acqua potrebbero non essere standardizzate. Pertanto, campioni di controllo o di confronto dovrebbero essere inclusi nel disegno sperimentale. Qualsiasi deviazione da una tecnica standard dovrebbe essere pienamente documentata e deve essere considerata nell'interpretazione dei risultati e nelle strategie di coltivazione. Se l'acqua contiene livelli elevati di metalli pesanti, è necessario aggiungere un agente chelante al campione.

I tamponi rettali sono stati inseriti nel canale anale, oltre il margine anale (±3 cm). Due tamponi rettali sono stati depositati in un contenitore con 500 µl di tampone Reduced Transport Fluid e conservati a temperatura ambiente per due ore prima di essere conservati a -20 °C.