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Si bien la mayoría de las pruebas, ya sean de saliva o de otro tipo, se analizan mediante estrategias basadas en PCR, existen otras alternativas prometedoras, como la amplificación isotérmica mediada por asa, que también ha recibido la Autorización de Uso de Emergencia para realizar pruebas con hisopos nasofaríngeos. Estados Unidos ha tenido dificultades para implementar pruebas sistemáticas y generalizadas durante la pandemia, lo que ha dificultado a las autoridades de salud pública rastrear la propagación del virus. Además, el equipo y los reactivos necesarios para realizar las pruebas de PCR se han agotado con frecuencia, desde los hisopos necesarios para recolectar la muestra hasta los reactivos que extraen el ARN viral. Las muestras de control recolectadas correctamente ayudarán a descartar la contaminación externa de la muestra superficial.
Para todos los valores medidos en las secciones anteriores y posteriores, analizamos la Tabla 1. Las muestras de biopsia de mucosa se recogieron con un videoendoscopio versátil y unas pinzas de biopsia versátiles (Wilson-Cook; European Endoscopy Group, Fujinon Medical Holland, Veenendaal, Países Bajos). Las muestras de biopsia de mucosa se han extraído del colon sigmoide a 20-30 cm del margen anal. Por tema, un patrón de mucosa se lavó dos veces en 500 µl de PBS antes de la congelación instantánea en nitrógeno líquido y un segundo patrón se depositó en un recipiente lleno de 500 µl de PBS y se congeló rápidamente en nitrógeno líquido. En el grupo de colonoscopia, los hisopos rectales se habían recogido en el momento de la colonoscopia, justo antes del proceso endoscópico.
Finalmente, dado que observamos que los perfiles de microbiota de los hisopos rectales eran distintos de los de la microbiota mucosa y fecal en el grupo de colonoscopia, nos interesamos por la similitud entre la microbiota fecal y la microbiota mucosa. Observamos que las correlaciones entre las muestras fecales y las biopsias de mucosa eran tan bajas como las correlaciones de las muestras de hisopo con cada uno de estos tipos de patrones.
El volumen mínimo de agua que debe recolectarse debe ser suficiente para completar todos los ensayos indicados; 100 ml se considera un volumen mínimo adecuado. Publicaciones de Facebook compartidas cientos de veces afirman que la pandemia de coronavirus es una excusa para un esfuerzo financiado por la Fundación Gates para implantar microchips cuando se toman muestras de nariz o garganta de los pacientes durante las pruebas de COVID-19. Esto es falso; la pandemia es real, la fundación negó la afirmación y los expertos afirman que existe una razón médica para la forma en que se usan los hisopos para las pruebas de la enfermedad. Los hisopos rectales, las muestras fecales y las biopsias de mucosa a veces pueden ser muy similares, pero en general, estos tres tipos de muestras parecen albergar una microbiota más o menos distinta.
Esto confirmó que los hisopos auto-recogidos presentaban una alta correspondencia con los hisopos recolectados clínicamente cuando se almacenaban de la misma manera. Para evaluar el impacto de un protocolo de almacenamiento de muestras no estricto, comparamos los perfiles de microbiota de hisopos rectales congelados rápidamente con los perfiles de hisopos rectales almacenados a temperatura ambiente en RTF durante 2 horas antes de su congelación a -20 °C. Dado que las condiciones de almacenamiento pueden afectar de forma diferente a las bacterias Gram-positivas y Gram-negativas, analizamos los datos por separado para AFFV y Bacteroidetes. Se calcularon correlaciones para los perfiles derivados de muestras de hisopos congelados rápidamente frente a los perfiles promedio de muestras de hisopos duplicadas almacenadas en RTF a temperatura ambiente antes de su congelación. Tanto para AFFV como para Bacteroidetes, las comparaciones intraindividuales mostraron altas similitudes, medidas mediante una mediana de R² alta.
Nuevamente, se descubrió una mejor correlación para Bacteroidetes que para AFFV. Para comprobar si la autotoma de muestras por parte de los pacientes en su domicilio arrojaría resultados comparables a los de los hisopos tomados en la consulta externa, se compararon estos resultados en diez individuos. Nuevamente, se compararon los perfiles por pares y los resultados se analizaron por separado para AFFV y Bacteroidetes. Este análisis también mostró correlaciones intratemáticas elevadas y correlaciones intersujetos bajas.
A diferencia de las pruebas de agua potable para la detección de coliformes, el muestreo de agua para respaldar las investigaciones epidemiológicas de brotes de enfermedades puede estar sujeto a modificaciones según las circunstancias de la instalación. Las estrategias de análisis para patógenos transmitidos por el agua también pueden no estar estandarizadas. Por lo tanto, se deben incluir muestras de control o de comparación en el diseño experimental. Cualquier desviación de la técnica habitual debe documentarse detalladamente y considerarse al interpretar los resultados y las estrategias de cultivo. Si el agua presenta niveles elevados de metales pesados, se debe añadir un agente quelante a la muestra.
Se insertaron hisopos rectales en el canal anal, más allá del margen anal (±3 cm). Se depositaron dos hisopos rectales en un recipiente con 500 µl de tampón de fluido de transporte reducido y se almacenaron a temperatura ambiente durante dos horas antes de su almacenamiento a -20 °C.
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