Écouvillons rectaux pour l'analyse de l'intestin

Cependant, aucune différence supplémentaire n'a été constatée entre la conservation des écouvillons à température ambiante dans du RTF pendant deux heures et leur congélation immédiate dans de l'azote liquide. La plupart des tests moléculaires COVID-19 actuellement disponibles sur le marché nécessitent une méthode de prélèvement d'échantillons nécessitant l'insertion d'écouvillons dans les voies nasales et la gorge. Les écouvillons contenant l'échantillon sont ensuite transportés dans 2 à 3 ml de milieu de transport viral commun et doivent être conservés au froid avec des blocs réfrigérants ou de la glace sèche, puis traités en quelques heures. Comme les écouvillons restent immergés dans le milieu de transport ultra-résistant, les CDC et la FDA recommandent l'utilisation d'écouvillons à embout synthétique, idéalement avec une tige en plastique ou en aluminium.

Un problème majeur réside dans la faible biomasse de phages dans les échantillons prélevés sur la peau et les plaies, ce qui entraîne une insuffisance de matériel pour le séquençage ou une profondeur de séquençage insuffisante. Les méthodes précédemment décrites sont souvent longues, non optimisées pour les échantillons de petite taille et à faible biomasse, et/ou ne conservent pas la fraction non VLP du microbiome, ce qui nécessite l'acquisition d'un second échantillon pour une analyse du virome et de l'ensemble du microbiome. Afin de vérifier si cette technique de traitement améliore la restauration de l'ADN phagique à partir d'échantillons d'écouvillons médicaux, des écouvillons ont été prélevés sur de la peau et des plaies normales, prélevés sur des patients dans un centre de traitement des plaies, puis traités en vue d'un séquençage à haut débit. Nous avons comparé cette nouvelle méthode de préparation des échantillons à une technique d'extraction classique par kit, en mesurant les rendements en ADN double brin par fluorométrie.

La variance de conservation, introduite par le stockage des écouvillons à température ambiante dans un tampon RTF au lieu d'une congélation instantanée directe, a été estimée à 0,79 pour Bacteroidetes et à 1,14 pour AFFV. Ainsi, une variance plus importante a été introduite en prélevant plusieurs échantillons plutôt qu'en testant le même échantillon à plusieurs reprises.

Bien que les échantillons PS2 contiennent davantage d'ADN humain que PS1, la plus grande fraction de lectures virales (Fig. 6b) se traduit également par un nombre absolu plus élevé de lectures correspondant à IMG/VR. À mesure que la recherche sur le microbiome progresse, l'intérêt pour le virome, relativement peu étudié, augmente. Cependant, la méthodologie expérimentale d'échantillonnage du virome n'a pas été caractérisée et optimisée aussi largement que les stratégies de traitement des profils bactériens.

Comparaisons supplémentaires de la composition de l'ADN enrichi en VLP à partir d'écouvillons scientifiques de peau et de plaies en utilisant une extraction basée sur un kit et la méthode décrite ici. L'ADN enrichi en VLP a été séquencé par shotgun et cartographié dans la base de données du métagénome viral IMG/VR ou dans le génome humain.

Français De cette évaluation, il apparaît que les écouvillons rectaux, les échantillons fécaux et les biopsies muqueuses peuvent parfois être très similaires, mais que dans l'ensemble, ces trois types de modèles semblent abriter un microbiote plus ou moins distinct. La variance estimée pour des tests répétés des mêmes échantillons était de 0,25 log2RFU pour Bacteroidetes et de 0,37 log2RFU pour AFFV. La variance totale d'échantillonnage, qui comprend la variance introduite par des échantillonnages répétés ainsi que des tests répétés, a été estimée à 0,78 log2RFU pour Bacteroidetes et à 1,16 log2RFU pour AFFV.

Parmi les échantillons VLP contenant une quantité détectable d'ADN, PS2 a produit une concentration moyenne d'ADN 6,7 et 4,4 fois supérieure pour les prélèvements cutanés et de plaies, respectivement, par rapport à PS1. Les fractions restantes, qui contiennent une quantité importante de micro-organismes, devraient contenir davantage d'ADN et, comme prévu, la quasi-totalité des échantillons de peau et de plaies ont produit une quantité détectable d'ADN dans la fraction restante. De plus, PS2 a produit une concentration moyenne d'ADN 3,9 et 16,6 fois supérieure à PS1, ce qui indique que PS2 améliorerait également le rendement en ADN pour la recherche métagénomique complète. Le rôle du microbiome dans la santé et la maladie humaines est devenu de plus en plus reconnu au cours de la dernière décennie. Les améliorations méthodologiques dans le traitement des échantillons, le séquençage et la bioinformatique sont essentielles pour faire progresser la recherche sur la diversité phylogénétique et fonctionnelle des microbes colonisant le corps humain.

En utilisant PS1, seulement 10 % des fractions de VLP cutanées et 25 % des fractions de VLP de plaies ont produit de l'ADN détectable. En revanche, PS2 a apporté une amélioration significative, produisant de l'ADN détectable dans 30 % des échantillons de VLP cutanées et 100 % des échantillons de VLP de plaies (Fig. 5).