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Les indices de diversité de Shannon sont extrêmement similaires entre les écouvillons dupliqués et les écouvillons congelés instantanés pour tous les phylums. La diversité est plus faible pour le groupe AFFV dans les biopsies muqueuses et les échantillons fécaux que pour les écouvillons rectaux. Enfin, les écouvillons rectaux, les échantillons fécaux et les biopsies muqueuses ont été comparés par corrélation des profils.
Premièrement, nous avons comparé des échantillons prélevés par écouvillonnage à des échantillons de biopsie muqueuse prélevés par coloscopie chez 32 sujets. Ces corrélations étaient généralement faibles, en particulier pour le groupe AFFV. Les profils de Bacteroidetes présentaient une similarité légèrement plus importante, avec une large distribution des valeurs pour R2.
Pour les échantillons d'écouvillonnage rectal, la diversité semble être légèrement plus grande dans le groupe non préparé, et la distribution des indices de plage est légèrement plus petite que dans le groupe préparé. La variété AFFV pourrait être plus élevée dans les écouvillons rectaux que dans les échantillons fécaux.
Les Bacteroidetes présentaient généralement une corrélation légèrement supérieure à celle des AFFV. Dans le groupe de patients ambulatoires atteints de MICI, les corrélations étaient nettement supérieures, en particulier pour les Bacteroidetes, dont le R2 médian était similaire à celui observé pour les profils d'écouvillonnage dupliqués. Ces données ont confirmé que les profils fécaux ressemblaient aux profils d'écouvillonnage, en particulier pour le phylum Bacteroidetes, mais pas chez les personnes ayant subi une préparation intestinale.
Ensuite, les profils d'écouvillonnage rectal ont été comparés aux profils fécaux chez dix-neuf sujets du groupe coloscopie et chez les dix sujets du groupe ambulatoire MICI. Dans le groupe coloscopie, les corrélations entre les profils d'écouvillonnage et les profils fécaux étaient généralement faibles, tout comme la corrélation entre les échantillons d'écouvillonnage et les échantillons de biopsie muqueuse dans ce groupe de patients préparés.
Les comparaisons entre tous les échantillons ont été effectuées en calculant les coefficients de corrélation au carré pour toutes les paires d'échantillons possibles. Lors de la comparaison des écouvillons dupliqués conservés en RTF provenant du groupe de coloscopie avec d'autres échantillons, les profils moyens des écouvillons dupliqués ont été utilisés. L'ADN a été isolé à partir de selles ou de biopsies muqueuses, comme décrit précédemment. En résumé, pour les échantillons muqueux, la première étape consistait en une lyse des tissus et des bactéries avec le kit QIAamp DNA mini, suivie d'une extraction d'ADN avec l'automate d'isolation d'ADN NucliSENS easyMag (Biomérieux, Marcy l'Étoile, France).
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