Tamponare i tubi con i tamponi di cotone

Gli indici di varietà di Shannon sono estremamente correlati tra tamponi duplicati e tamponi congelati rapidamente per tutti i phylum. La diversità è inferiore per il gruppo AFFV nelle biopsie mucose e nei campioni fecali rispetto ai tamponi rettali. Infine, tamponi rettali, campioni fecali e biopsie mucose sono stati confrontati in base alla correlazione dei profili.

In primo luogo, abbiamo confrontato i campioni di tampone con i campioni di biopsia mucosale prelevati tramite colonscopia in 32 soggetti. Queste correlazioni sono state generalmente basse, in particolare per il gruppo AFFV. I profili di Bacteroidetes hanno mostrato una somiglianza leggermente maggiore con un'ampia distribuzione di valori per R2.

Per i campioni di tampone rettale, la diversità sembra essere leggermente maggiore all'interno del gruppo non preparato e la distribuzione degli indici di intervallo è leggermente inferiore rispetto al gruppo preparato. La varietà di AFFV potrebbe essere osservata più elevata nei tamponi rettali rispetto ai campioni fecali.

I Bacteroidetes presentavano in genere una correlazione leggermente maggiore rispetto all'AFFV. Nel gruppo di pazienti ambulatoriali con IBD, le correlazioni erano notevolmente maggiori, in particolare per i Bacteroidetes, che presentavano un R2 mediano simile a quello riscontrato per i profili di tampone duplicati. Questi dati hanno confermato che i profili fecali erano simili ai profili di tampone, in particolare per il phylum Bacteroidetes, ma non nei pazienti sottoposti a preparazione intestinale.

Successivamente, i profili dei tamponi rettali sono stati confrontati con i profili fecali in diciannove soggetti del gruppo sottoposto a colonscopia e in tutti i dieci soggetti del gruppo ambulatoriale con IBD. Nel gruppo sottoposto a colonscopia, le correlazioni tra i profili dei tamponi e quelli fecali erano generalmente basse, simili alla correlazione tra i campioni di tampone e i campioni di biopsia mucosale in questo gruppo di pazienti preparati.

I confronti tra tutti i campioni sono stati effettuati calcolando i coefficienti di correlazione quadratica per tutte le coppie di campioni ottenibili. Quando i tamponi duplicati conservati in RTF del gruppo sottoposto a colonscopia sono stati confrontati con campioni diversi, sono stati utilizzati i profili medi dei tamponi duplicati. Il DNA è stato isolato da feci o biopsie mucose come descritto in precedenza. In breve, per i campioni mucosi, il primo passaggio è consistito nella lisi di tessuto e batteri con il kit QIAamp DNA mini, seguita dall'estrazione del DNA con la macchina automatizzata per l'isolamento del DNA NucliSENS easyMag (Biomérieux, Marcy l'Etoile, Francia).