Tubos de hisopo con hisopos de algodón

Los índices de variedad de Shannon presentan una alta correlación entre los hisopos duplicados y los hisopos congelados rápidamente para todos los filos. La diversidad es menor para el grupo AFFV en biopsias de mucosa y muestras fecales en comparación con los hisopos rectales. Finalmente, se compararon los hisopos rectales, las muestras fecales y las biopsias de mucosa mediante la correlación de perfiles.

En primer lugar, comparamos muestras de hisopado con muestras de biopsia de mucosa obtenidas mediante colonoscopia en 32 sujetos. Estas correlaciones fueron generalmente bajas, especialmente para el grupo AFFV. Los perfiles de Bacteroidetes mostraron una similitud ligeramente mayor, con una amplia distribución de valores de R2.

En el caso de las muestras de hisopos rectales, la diversidad parece ser algo mayor en el grupo sin preparación, y la distribución de los índices de rango es algo menor que en el grupo con preparación. Se observó una mayor variedad de AFFV en los hisopos rectales que en las muestras fecales.

Bacteroidetes presentó típicamente una correlación ligeramente mayor que AFFV. En el grupo de pacientes ambulatorios con EII, las correlaciones fueron notablemente mayores, especialmente para Bacteroidetes, cuya mediana de R² fue similar a la encontrada para perfiles de hisopado duplicados. Estos datos confirmaron que los perfiles fecales se asemejaban a los de los hisopados, especialmente para el filo Bacteroidetes, pero no en los pacientes sometidos a preparación intestinal.

A continuación, se compararon los perfiles de hisopado rectal con los perfiles fecales en diecinueve sujetos del grupo de colonoscopia y en los diez sujetos del grupo de pacientes ambulatorios con EII. En el grupo de colonoscopia, las correlaciones entre el hisopado y los perfiles fecales fueron generalmente bajas, similar a la correlación entre las muestras de hisopado y las muestras de biopsia de mucosa en este grupo de pacientes preparados.

Se realizaron comparaciones entre todas las muestras mediante el cálculo de coeficientes de correlación al cuadrado para todos los pares de muestras disponibles. Al comparar hisopos duplicados almacenados en RTF del grupo de colonoscopia con otras muestras, se utilizaron los perfiles promedio de los hisopos duplicados. El ADN se aisló de heces o biopsias de mucosa como se describió previamente. En resumen, para las muestras de mucosa, el primer paso consistió en la lisis del tejido y las bacterias con el kit QIAamp DNA mini, seguida de la extracción de ADN con el dispositivo de aislamiento de ADN automatizado NucliSENS easyMag (Biomérieux, Marcy l'Etoile, Francia).