Тампоны с ватными палочками

Индексы разнообразия Шеннона чрезвычайно близки между дубликатами мазков и быстрозамороженными мазками для всех фил. Разнообразие в группе AFFV ниже в биоптатах слизистой оболочки и образцах кала по сравнению с ректальными мазками. Наконец, ректальные мазки, образцы кала и биоптаты слизистой оболочки были контрастными по корреляции профилей.

Во-первых, мы сравнили образцы мазков с образцами биопсии слизистой оболочки, полученными при колоноскопии у 32 участников. Эти корреляции в целом были низкими, особенно в группе AFFV. Профили Bacteroidetes показали несколько большее сходство с большим разбросом значений R2.

В образцах ректальных мазков разнообразие, по-видимому, несколько выше в группе без подготовки, а распределение индексов диапазона несколько меньше, чем в группе с подготовкой. Можно видеть, что разнообразие AFFV в ректальных мазках выше, чем в образцах кала.

Bacteroidetes, как правило, имели чуть более высокую корреляцию, чем AFFV. В амбулаторной группе пациентов с ВЗК корреляции были заметно выше, особенно для Bacteroidetes, медиана R2 которых была такой же, как и для профилей дубликатов мазков. Эти данные подтвердили, что профили кала были похожи на профили мазков, особенно для типа Bacteroidetes, но не у пациентов, прошедших подготовку кишечника.

Затем профили ректальных мазков были сопоставлены с профилями кала у девятнадцати пациентов из группы колоноскопии и у всех десяти пациентов из группы амбулаторного лечения ВЗК. В группе колоноскопии корреляция между мазками и профилями кала, как правило, была низкой, аналогичной корреляции между мазками и образцами биопсии слизистой оболочки у данной группы пациентов с подготовленным диагнозом.

Сравнение всех образцов проводилось путём расчёта квадратов коэффициентов корреляции для всех возможных пар образцов. При сравнении дубликатов мазков, хранящихся в RTF от группы колоноскопии, с различными образцами использовались усреднённые профили дубликатов мазков. ДНК выделялась из фекалий или биоптатов слизистой оболочки, как описано ранее. Вкратце, для образцов слизистой оболочки первым этапом был лизис ткани и бактерий с помощью набора QIAamp DNA mini, а затем экстракция ДНК с помощью автоматического аппарата для выделения ДНК NucliSENS easyMag (Biomérieux, Марси-л'Этуаль, Франция).