Tubos de cotonete com cotonetes

Os índices de variedade de Shannon são extremamente correlacionados entre swabs duplicados e swabs congelados rapidamente para todos os filos. A diversidade é menor para o grupo AFFV em biópsias de mucosa e amostras fecais em comparação com swabs retais. Por fim, swabs retais, amostras fecais e biópsias de mucosa foram contrastados pela correlação de perfis.

Primeiramente, comparamos amostras de swab com amostras de biópsia de mucosa coletadas por colonoscopia em 32 indivíduos. Essas correlações foram geralmente baixas, particularmente para o grupo AFFV. Os perfis de Bacteroidetes apresentaram uma similaridade um pouco maior, com uma ampla distribuição de valores para R2.

Em amostras de swab retal, a diversidade parece ser um pouco maior no grupo não preparado, e a distribuição dos índices de variação é um pouco menor do que no grupo preparado. A variedade de AFFV pode ser observada como sendo maior em swabs retais do que em amostras fecais.

Bacteroidetes geralmente apresentaram uma correlação ligeiramente maior que a AFFV. No grupo ambulatorial com DII, as correlações foram notavelmente maiores, particularmente para Bacteroidetes, que apresentou um R² mediano semelhante ao encontrado para perfis de swab duplicados. Esses dados confirmaram que os perfis fecais se assemelhavam aos perfis de swab, particularmente para o filo Bacteroidetes, mas não em indivíduos submetidos à preparação intestinal.

Em seguida, os perfis de swab retal foram comparados aos perfis fecais em dezenove indivíduos do grupo de colonoscopia e em todos os dez indivíduos do grupo ambulatorial com DII. No grupo de colonoscopia, as correlações entre os perfis de swab e fecal foram geralmente baixas, semelhantes à correlação das amostras de swab com as amostras de biópsia de mucosa neste grupo de pacientes preparados.

As comparações entre todas as amostras foram feitas calculando-se os coeficientes de correlação ao quadrado para todos os pares de amostras possíveis. Quando swabs duplicados armazenados em RTF do grupo de colonoscopia foram comparados com amostras diferentes, foram utilizados perfis médios dos swabs duplicados. O DNA foi isolado de fezes ou biópsias de mucosa conforme descrito anteriormente. Em resumo, para amostras de mucosa, a primeira etapa consistiu na lise do tecido e das bactérias com o QIAamp DNA mini Kit, seguida pela extração de DNA com a máquina automatizada de isolamento de DNA NucliSENS easyMag (Biomérieux, Marcy l'Etoile, França).